「全運在府城，全民Run起來」。九十六年全國運動會，訂於十月二十日至二十五日在臺南市舉行，金門縣也將組隊參加，將參與男子、女子田徑、跆拳道、男子健美、男子、女子自由車、男子、女子帆船、男子、女子保齡球、男子游泳等競賽。

金門縣代表隊預計於十月十九日授旗出發，隊職員人數五十五人，並循例由金門縣長李炷烽擔任總領隊，副總領隊則有金門體育會理事長王異生、金門縣政府主任秘書盧志輝，總幹事教育局長李再杭、副總幹事楊瑞松、許能麗、幹事魏正德；總管理許換生、副總管理歐陽炎輝、總教練陳國生、副總教練許績勝。

男子田徑教練兼管理｜黃嘉維，男子田徑隊長何盡平(參加田徑五千、一萬公尺、三千公尺障礙)、隊員何盡文(參加田徑五千、一萬公尺、馬拉松賽)、楊績輝(參加田徑八百公尺)、黃世昌(參加田徑一千五百公尺、三千公尺障礙)、翁瑀涔(參加田徑馬拉松賽)、鄭仁堯(參加田徑八百公尺)、許仲宇(參加田徑一千五百公尺)、謝佳鈞(參加田徑四百公尺)。

女子田徑教練兼管理｜辛雷達，女子田徑隊員李嘉慧(參加田徑五千公尺)、曾怡靜(參加田徑五千公尺、一萬公尺)、蔡欣雅(參加田徑八百公尺、一千五百公尺)。

男子跆拳道領隊｜李榮文、跆拳道教練兼管理─李錫添、男子跆拳道隊員周彥廷(參加跆拳道中乙級)、周佳弘(參加跆拳道蠅量級)、王濬昇(參加跆拳道鰭量級)、曾紹先(參加跆拳道羽量級)。

女子跆拳道領隊｜王毅民，隊員董筱瑤(參加跆拳道蠅量級)、蘇麗文(參加跆拳道輕量級)。

男子健美教練兼管理｜陳建發，隊長汪在莒(參加健美第五級)、隊員李政傑(參加健美第五級)、涂晏瑜(參加健美第一級)、傅文志(參加健美第六級)。

男子自由車教練兼管理｜洪俊傑，隊員羅昌其(參加自由車競輪賽三十公里領先計分賽、四十公里個人、二百公里個人公路賽)、黃義材(參加自由車下坡賽)。

女子自由車教練兼管理｜朱志濃，隊員陳如妙(參加自由車下坡賽、越野賽)。

帆船領隊兼管理｜王俊諺，男子帆船教練｜吳淑鴛、隊員江嘉佑(參加風浪板標準型、輕量組)。女子帆船教練｜董燊，隊員葉惠文(參加風浪板標準型)。

男子保齡球領隊兼管理｜楊龍隆，隊員張惠民、呂肇元。女子保齡球隊員洪巧菱。

男子游泳教練兼管理｜王賢德，隊員陳建志(參加游泳一百公尺自由式)。

九十六年全國運動會，由臺南市政府主辦，聖火將於十月二日在台南市延平郡王祠點燃後，進行台澎金馬各縣市傳遞。金門縣的全運聖火傳遞，將於十月十四日下午二時在金門尚義民航機場前廣場，由縣長李炷烽率聖火隊迎接，並在引燃給聖火隊後，先傳遞金湖鎮市街後，轉往金沙鎮沙美市街、金寧鄉頂堡經慈湖至金門高中，再沿金城鎮市街到金門縣立體育館。聖火訂十月十五日下午四時三十分回返台灣本島。

至於全國運動會比賽地點，則在台南市立體育場及各比賽場地舉行。