金門農工職校獲得九十六學年度高職優質化輔助方案，第一年補助經費台幣四百萬元辦理計劃，增強學生基本能力，以及建構e化校園，提昇教學及行政效能。

農工職校表示，高職優質化輔助方案計劃項目為：一、推動適性教學，增強學生基本能力，提昇學生素質。二、強化技能學習、提高學生技能水準，增強學生就業能力。三、推動產學合作，培養學生就業能力。四、建構e化校園，提高教學及行政效能。五、多元學習，激發學生潛能，增強學生自信心。

每項計畫均編列子計畫，依子計畫實施方式及步驟定時掌控進度並做回饋檢討。九十六學年第一學期辦理項目包括：一、二年級低成就補救教學(第一段考四科以上不及格者)，利用第八節開設國文四班、英文一班，合計五班受惠學生一百一十六人。二、英文初級檢定輔導班計二班，受惠學生八十一人；並進行輔導鼓勵參加英文初級檢定。三、基礎英文輔導班三班，受惠學生七十七人。

今年下學期將繼續辦理的項目有：一、低成就補救教學(第一學期段考四科以上不及格者)，利用第八節實施，針對一、二、三年級低成就學生進行免費課業輔導。二、英文初級檢定輔導班，從寒假開始實施，鼓勵一、二、三年級有意願學生參加並輔導參加全民英文初級檢定測驗。三、增廣教學輔導班，鼓勵有意願學生參加。

另，預定辦理的計劃工作有：一、接受家長會委託辦理夜間三年級國、英、數課業輔導班，針對三年級學生調查依據教育部「國立及台灣省立私立高級中學課業輔導實施要點」規定辦理(每節課學生須繳交輔導費15.88元)。二、夜間晚自習輔導班，針對三年級學生或需要者開闢教室空間，讓學生留校晚自習，為幫助學生返家交通，初步協調金門公車處請於下學期起每週週一至週五晚上八時三十分至學校接晚自習學生送回至金城車站。