金門縣在本屆總統大選的公民投票方面，兩項公投案中，整體投票率都只有百分之二點零六、二點一五，投票率相當低。

公投第五案為「入聯公投」(主文為：一九七一年中華人民共和國進入聯合國，取代中華民國，台灣成為國際孤兒。為強烈表達台灣人民的意志，提升台灣的國際地位及參與，您是否同意政府以「台灣」名義加入聯合國？)；第六案為「返聯公投」(主文為：您是否同意我國申請重返聯合國及加入其它組織，名稱採務實、有彈性的策略，亦即贊成以中華民國名義、或以台灣名義、或以其他有助於成功並兼顧尊嚴的名稱，申請重返聯合國及加入其他國際組織？)

公民投票案投票結果，投票人數達全國投票權人總數二分之一以上，且有效投票數超過二分之一同意者，即為通過。投票人數不足上開規定數額或未有有效投票數超過二分之一同意者，均為否決。

公投第五案，金門縣全縣有投票權者六萬五千五百七十二人，共發出一千三百五十一張選票，投票率僅百分之二點零六。其中有效票一千二百八十五票，無效票六十五票，已領未投一票。

在有效票當中，投「同意」的票數一千一百四十八票，佔有效票數的百分八十九點三四。其中，金城鎮四百九十票；金寧鄉二百一十九票；金湖鎮二百九十四票；金沙鎮一百零九票；烈嶼鄉三十二票；烏坵鄉四票。

投「不同意」的票數一百三十七票，佔有效票數的百分之十點六六。

公投第六案，全縣有投票權人數同樣是六萬五千五百七十二人，共發出一千四百一十三票，投票率僅百分之二點一五。其中有效票一千三百三十八票，無效票七十四票，已領未投一票。

在有效票數當中，投「同意」的票數一千一百五十五票，佔有效票數的百分之八十六點三二。其中，金城鎮四百八十二票；金寧鄉二百一十二票；金湖鎮三百零三票；金沙鎮一百一十九票；烈嶼鄉三十六票；烏坵鄉三票。

投「不同意」的票數一百八十三票，佔有效票數的百分之十三點六八。