金門縣政府指出，配合「商業登記法」修正公布，自今年六月三十日起，現行「營利事業統一發證制度」將廢除，改採「登記與管理分離」原則，今後公司組織依公司法辦理公司登記；獨資、合夥之商業，依商業登記法辦理商業登記後，不需辦理營利事業登記及取得營利事業登記證，僅需另向稅捐主管機關辦理稅捐登記相關事宜。

金門縣政府為使民眾了解商業登記法的重大變革，特別說明各項修正內容。縣府表示，現行的「營利事業統一發證制度」，係將經常性管理之工作如都計、建管、衛生、消防等事項，提前於核發登記證時由相關單位共同審核的制度。但施行的結果，形成非法容易合法難，遂致無法達成管理目的，因此參照外國立法例，採「登記與管理分離」原則，廢除「營利事業統一發證制度」，所以現行條文有關統一發證制度會同審查及統一格式的相關規定刪除。

縣府也指出，廢除「營利事業統一發證制度」後，公司組織依公司法辦理公司登記；獨資、合夥之商業，依商業登記法辦理商業登記後，不需辦理營利事業登記及取得營利事業登記證，僅需另向稅捐主管機關辦理稅捐登記相關事宜。

同時，為配合商業登記法第二十七條刪除，商業登記主管機關不再核發登記時所使用印鑑之證明書。

縣府表示，按商號之營利事業「所在地」，係為該商號法律關係之中心地域，舉凡債務之清償、訴訟之管轄及書狀之送達均以該所在地為依據，與營利事業登記規則第三條(營業稅法之子法)所稱「營業場所」有所區別。如其登記所在地確為其商業法律關係之中心地域，則並不違反商業登記法之規定；如其登記所在地並非其商業法律關係之中心，依具體個案情況，則有商業登記法第三十一條或第三十五條等規定之適用。

縣府同時強調，自九十七年六月三十日起，商業登記所在地，仍需符合建築管理、都市計畫、消防、衛生等相關法令。

縣府表示，公司行號營業用房屋如因租賃關係發生糾紛時，係屬私權問題，應依民法規定向法院訴請裁判。縣府表示，所營業務除許可業務外，例如營造業、土木包工業、種苗業、自來水管承裝業、當舖業等許可業務，需檢附目的事業主管機關許可證明文件，其餘法規非禁止或限制之業務，均得以經營。未經目的事業主管機關許可而擅自經營者，自應依各目的事業主管機關所定相關法規辦理。

縣府表示，商業登記申請辦法草案條文中，商業申請設立登記，檢附申請書、負責人身分證明文件、合夥組織者，合夥人之身分證明文件及合夥契約、資本額證明文件，申請辦法由商業司修正後公布。