擴大小三通後，為應地區整體經濟發展需要，縣府業已研擬十五項修正條文意見，全力爭取納入離島建設條例修訂中。

縣府說明，離島建設條例於民國八十九年四月五日公布實施，至今將逾十年，部份條文雖於九十一年二月十六日修正第11、14、17、18條條文，並增訂第9-1、9-2條文；九十七年一月九日增訂第10-1條條文，但因時空背景改變，兩岸政策開放，相關部份條文已不合時宜，難以適應目前離島的發展需求，中央決定檢討研修。

為配合辦理研修，經縣府研議後，提出建議修正意見，修正內容包括離島設置自由貿易港區、離島投資招商優惠、重大投資計畫之土地使用修正、離島設置免稅、軍事遺址再利用、金廈生活圈概念有關兩岸經貿、醫療、開放引進陸生、陸勞等相關配合修正條文，將送請行政院作為研修參考。

縣府研考室說明，縣府所擬建議修正條文內容主要有：一、增列第6條之1，加入於離島設置自由貿易港區；二、修正第七條，將重大投資計畫之土地使用、變更、環評審議作業授權離島政府審議，不受都市計畫土地及非都市計畫土地使用、環評等管制規定；三、增訂第7條之1，推動招商，對重大投資建設計畫應予減免其稅捐，營運期間給予獎助；四、修正第9條部分條文，對戰地政務終止前徵用土地之贖回，配合土地法增訂條文，辦理修正部分文字；五、增訂第9條之3，延長戰地政務期間特殊土地時效取得規定；六、修正第10條文，增列於離島地區得自國外、大陸地區進口物品免徵營業稅，以落實離島地區免稅政策；七、增訂第10條之2，委由離島縣與鄰近中國大陸港灣城市之經貿協商交流事宜；八、修正第11條條文，對國防文物及軍事遺址規劃統籌單位規範，以促進離島軍事設施之活化再利用；九、修正第13條，增列補助離島地區服務之專科醫師及醫護陪同後送就醫人員之交通補助費，及增列緊急後送至大陸地區其就醫健保給付條款；十、修訂第14條，增加對離島地區之污水下水道處理補助經費及增列對烏坵民宅優免水電費補助法源；十一、修訂第15條之1，中央對離島地區之補助於統籌分配稅就上繳額度設算後，不足部分應給予差短補助，超出部分留供地方作為建設財源；十二、修正第16條條文，修訂基金總額，年限延長，加但書可視所得狀況予以增加或減少額度及年限；十三、增訂第17之1，增列開放陸生到離島就讀；十四、修正第18條條文，增列引進陸勞至離島就業條款；十五、增訂第18條之1，對地方機關組織設置由地方政府依須調整。