為應未來離島建設條例修正，縣府建議增列第6條之1，加入於離島設置自由貿易港區。

縣府建議列第6條之1的條文內容為：「縣（市）主管機關得擬具自由港區開發之可行性規劃報告及營運計畫書，報請行政院核定設置為自由貿易港區，並以縣（市）政府為管理機關」。

縣府說明，自由貿易港區是用免稅、通關便捷、加值作業的優惠措施吸引廠商進駐，以繁榮經濟，可視為「境內關外」，唯依據行政院現行規定－自由貿易港區設置管理條例第三條規定，自由貿易港區指經行政院核定於國際航空站、國際港口管制區域內等區域，區域之申設應為國際空港，海港區內或相毗鄰或能相聯接者，金門縣因無國際港區，離島港口申請設立有實際困難，故宜賦予法源，並對於大陸人士、資金流通進入區內予以放寬。

縣府指出，為積極推動貿易自由化及國際化，便捷人員、貨物、金融及技術之流通，提升離島競爭力並促進離島經濟發展，故提出「縣（市）主管機關得擬具自由港區開發之可行性規劃報告及營運計畫書，報請行政院核定設置為自由貿易港區，並以縣（市）政府為管理機關」增訂條文草案。