立法院預算中心針對「國軍軍事勤務致人民傷亡損害補償申請期限已屆滿，累積近九成財物損害案件尚待審查，引起民怨」一事提出報告。立法院預算中心並建議政府應儘速研謀對策，以敉平民怨。

立法院預算中心針對「國軍軍事勤務致人民傷亡損害補償申請期限已屆滿，累積近九成財物損害案件尚待審查，引起民怨」一事提出報告指出，台灣地區人民依據「國軍軍事勤務致人民傷亡損害補償條例」提出申請案件，截至九十七年八月底止，補償委員會共受理受害民眾申請補償案件計二千五百一十一件，其中人員傷亡部分計一千二百件、審結一千一百四十三件、待審五十七件；另財物損害計申請一千三百一十一件、審結一百七十七件、待審一千一百三十四件；總計申請二千五百一十一件中，已審結一千三百二十件，累積待審案件一千一百九十一件。

另財物損害申請案件總計一千三百一十一件，補償委員會僅審結一百七十七件，餘一千一百三十四件待審，而審結一百七十七件中，其中八件被駁回，另一百六十九件獲得補償，獲償率僅占申請件數之百分之十二點八九；針對財物損害案件審查規定甚嚴，獲償比率偏低，受害民眾迭有怨言，國防部順應輿情，曾於九十一年十月十一日修正「國軍軍事勤務致人民傷亡損害補償金基數及發給標準」第三條，酌予放寬財物損害證明認定標準，惟因財物損害申請案件，事故發生年代久遠，舉證不易，申請者大多無法檢附財物損害之實際受損金額證明，標準辦法修正迄今，財物損害案件審結、獲償件數（比率）未見明顯提高，財物損害待審案件占財物損害申請件數、全部待審案件之比率分別高達百分之八十六點五零、百分之九十五點二一。

經查，國軍軍事勤務致人民傷亡損害補償條例第十一條原規定：「申請補償金之權利，自本條例施行之日起，經過二年而消滅。」按本條例施行日期為民國八十八年十二月一日，依第十一條原規定，本條例申請補償期限至九十年十一月三十日為止，然因申請時間短暫，加以政府未能全面宣導此項法令措施，亦未考量民眾是否均可利用網路資源查詢相關申請補償事宜，致仍有眾多民眾不知此項法律規定而錯失申請時間。為符合政府制定本條例之立法精神，以期所有受害人均能獲得補償，立法院爰於九十二年十二月十六日修正第十一條增訂第二項規定：「前項期限屆滿後，若仍有受害人本人或死亡者之遺屬未及申請補償金者，再延長六年。」據此，延長六年申請期限業於九十六年十一月三十日截止。

然國軍軍事勤務致人民傷亡損害補償經費，曾經發生預算估列與補償委員會審理進度未能協同一致，部分賸餘經費被不當挪用於其他支出，致延長六年申請期限已屆滿，目前累積近九成財物損害案件尚待審查，民眾積怨日深。因此，立法院預算中心建議政府應儘速研謀對策，以敉平民怨。

而據統計，截至九十七年八月底止，軍事勤務致人民傷亡損害補償辦理情形，金門縣申請件數，人員傷亡四百五十四件（審結件數三百一十件、駁回一百一十五件、待審二十九件）、財物損害一千二百五十一件（審結件數一百四十八件、駁回五件、待審一千零九十八件）。

行政院為辦理國軍軍事勤務致人民傷亡或財物損害補償事宜，爰制定「國軍軍事勤務致人民傷亡損害補償條例」草案函請立法院審議，立法院於八十八年一月十四日三讀通過補償條例，八十八年二月三日總統明令公布，行政院定自八十八年十二月一日起正式施行。依補償條例第十二條規定：「補償金所需經費，由國防部循預算程序辦理。」國防部自八十八年度起逐年編列預算，九十八年度賡續編列預算七千萬元辦理該項業務。