為因應小三通旅客人數急遽成長，金門港務處表示，從十一月起金門水頭碼頭往返廈門五通碼頭航線客船，由一天四個班次增加為八班船，以因應旅客輸運需求。連同水頭碼頭往返廈門東渡碼頭的二十班船、往返泉州石井港的四班船，金廈泉小三通一天共有三十二班船輸運旅客。

金門港務處表示，今年六月十九日起，政府實施擴大小三通政策，國人持護照或外國人持有效證件都可比照金門、馬祖住民和台商適用小三通，使得旅客人數急遽成長。今年十月份金門往返大陸廈門、泉州的小三通旅客，入境金門為六萬零六百七十九人次，出境為六萬四千八百四十七人次，合計為十二萬五千五百二十六人次，為金門小三通自2001年元月二日通航以來，單月客運量最高的記錄。

根據金門港務處統計，金廈泉小三通今年一至十月的旅客人數，累積為七十六萬六千六百零八人次，已經超過去年全年的七十二萬五千零六十九人次，港務處官員樂觀預期今年一年運量，可望突破一百萬人次。

針對小三通旅客人數成長，金門港務處說，從十一月一日開始，金門水頭碼頭往返廈門五通碼頭航線客船，由一天四個班次增加為八班船，增開班船後的金門水頭碼頭往返五通碼頭航線，金門開航時間為中午十一時、中午十二時、下午二時、下午四時，五通碼頭到金門開航時間為上午十時三十分、中午十二時三十分、下午二時三十分、下午四時三十分，以因應旅客輸運需求。