2008金門國際馬拉松賽引起國內外矚目，活動更是盛況空前。而2009金門馬拉松賽，並將於2009年一月三日舉行，報名也自即日起至九十七年十一月二十八日止，採網路、郵寄、親自報名方式，受理報名。

2009金門馬拉松競賽，敲定於2009年一月三日在金門舉辦。根據中華民國路跑協會規劃的競賽規程，第二屆金門馬拉松競賽，競賽項目為：馬拉松組（四十二點一九五公里）、半程馬拉松組（二十一點零九七五公里）、路跑組(十公里)、健康休閒組(五公里)，並設視障組。而健康休閒五公里，則不分男女與組別，不排列名次。

報名辦法，競賽組（馬拉松、半程馬拉松、十公里），自即日起至十一月二十八日前。採網路報名：路跑協會會員請上網www.sportsnet.org.tw線上報名專區填妥比賽報名表及線上刷卡繳交報名費。網路報名者請自行列印回執單（於報到時務必出示身分證正本及回執單方可領取相關參賽物品）。惟非會員請先行註冊成為會員。

採郵寄報名者，請詳細填寫報名表、檢附身分證或駕照或健保卡以備查核，連同報名所需費用，以報值掛號方式（現金袋）郵寄或親至中華民國路跑協會（104台北市玉門街1號中山足球場內）辦理報名手續，聯絡電話：02-25855659。

採親自報名者，競賽組選手可親自前往以下地點報名：台北市：中華民國路跑協會：台北市玉門街1號。電話：886-2-25855659；傳真：886-2-25996716。金門縣：國立金門技術學院，892金門縣金寧鄉大學路一號（四樓學務處），電話：886-82-313592，傳真：886-82-313594。金門馬拉松籌備處：892金門縣金城鎮民族路261號（縣立體育場），電話：886-82-311229；傳真：886-82-311790。

報名日期，自即日起至九十七年十一月二十八日止，馬拉松賽報名費新台幣七百元，半程馬拉松賽新台幣五百元，十公里新台幣三百元，健康休閒五公里，免收報名費，現場領號碼布即可參加（限一萬八千名）。

有關競賽路線：馬拉松組(四十二點一九五公里)：九十八年一月三日上午七時三十分於國立金門技術學院集合，八時起跑，並限時七小時完成。路線為：國立金門技術學院（起點）─左轉環島西路二段─右轉民權路─右轉光前路─慈湖路（金寧自行車道）─頂林路─左轉瓊安路─左轉環島北路三段─右轉高陽路─右轉農試所─右轉太湖路二段─中央公路─伯玉路─伯玉路二段─右轉接環島北路─右轉大學路─國立金門技術學院（終點）。

半程馬拉松組（二十一點零九七五公里）：九十八年一月三日上午七時三十分於國立金門技術學院集合，八時起跑，並限時四小時完成。路線為：國立金門技術學院（起點）─左轉環島西路二段─右轉民權路─右轉光前路─慈湖路（金寧自行車道）─頂林路─左轉瓊安路─右轉環島北路二段─大學路─國立金門技術學院（終點）。

路跑組（十公里）：九十八年一月三日上午七時三十分於國立金門技術學院集合，八時起跑，並限時九十分鐘完成。路線為：國立金門技術學院（起點）─左轉環島西路二段─右轉民權路─右轉光前路─慈湖路（金寧自行車道）─右轉東坑─右轉接頂林路─右轉接大學路─國立金門技術學院（終點）。

健康休閒組（五公里）：九十八年一月三日上午七時三十分於國立金門技術學院集合，八時起跑，限時三十分鐘完成。路線為：國立金門技術學院（起點）─左轉環島西路二段─左轉環島北路─民權路─右轉民生路─後埔─環島西路─國立金門技術學院（終點）。

在馬拉松組、半程馬拉松組及十公里組依性別、年齡，分為十三組及視障組。競賽組全部採晶片計時，大會依據晶片紀錄之淨值作為時間記錄之依據。

根據中華民國路跑協會企劃，活動指導單位為行政院體育委員會、內政部、交通部、陸委會、福建省政府、金門縣議會，主辦單位金門縣政府、陳福海委員國會辦公室、金門國家公園管理處、國立金門技術學院、金門體育會、中華民國路跑協會。協辦單位交通部觀光局、金門日報、廈門廣播電視產業發展有限公司、AIMS，主要贊助單位金酒公司，協助贊助單位源興行銷股份有限公司。