金門縣政府為因應九十七年六月十九日小三通人員往來正常化實施，建議中央在金門設立簽證機構，以方便持有效證件的外國及港澳人士經小三通往返兩岸，但外交部認為目前外國旅客經小三通人數少，暫無設置的規劃，縣府則表示將持續爭取設置。

縣府表示，為因應九十七年六月十九日小三通人員往來正常化實施，外國人得持憑有效簽證及有效護照或旅行證件，或適用以免簽證方式入國之有效護照；香港或澳門居民，持憑有效入出境許可證者，經移民署查驗許可後，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。

縣長李炷烽曾於今年八月十四日以書函向行政院秘書長薛香川及外交部建議於金門設立簽證機構，以應各方所需。外交部於九十七年十一月十七日函覆指出，現行三十五個適用免簽證國家護照之外國旅客得經「小三通」由大陸入出金門，至於落地簽證僅用以處理極少數持美國護照效期不足六個月申請入境案件，以高雄小港機場為例，每月簽證量約六件，考量成本效益暫無在金門或其他直航地點增設簽證機構之規劃，但未來視符合落地簽證條件之國際旅客增長情形，再評估設置可行性。

金門縣政府交通旅遊局表示，外國人（含港澳居民）經由小三通往返兩岸自九十七年七月起迄十月底計二千三百二十人，均屬適用免簽證或事先辦妥簽證者，未來視國籍旅客出入境另行建議增設。

外交部現行適用免簽證入境台灣之國家共計三十六國（自九十七年十一月二十一日增列立陶宛、九十七年十二月一日再增列愛沙尼亞），故外國旅客得經「小三通」由大陸入出金門國家，包括：澳大利亞、奧地利、比利時、加拿大、哥斯大黎加、捷克、丹麥、芬蘭、法國、德國、希臘、匈牙利、冰島、愛爾蘭、義大利、日本、韓國、列支敦斯登、盧森堡、馬來西亞、馬爾他、摩納哥、荷蘭、紐西蘭、挪威、波蘭、葡萄牙、新加坡、斯洛伐克、西班牙、瑞典、瑞士、英國、美國、立陶宛、愛沙尼亞等。