2009金門馬拉松賽將於元月三日在金門技術學院鳴槍起跑，預計將有兩岸三地、國內外好手與地區鄉親六千七百多人報名參加競技，主辦單位提醒各參與人員應於7時30分前扺達賽場報到，並參加開幕儀式，配合活動開幕暨起(終)點站之設置，屆時部分路段將進行交通管制，請民眾多加配合。
由金門縣政府、國立金門技術學院、金門體育會、中華民國路跑協會共同主辦的第二屆金門馬拉松競賽，競賽項目與參加人數各為：馬拉松組（四十二點一九五公里）有四百八十一人報名、半程馬拉松組（二十一點零九七五公里）有五百六十三人、路跑組（十公里）有五百五十六人、健康休閒組（五公里）則有一百二十五個團體、五千零九十二人參賽。其中，健康休閒五公里，則不分男女與組別，不排列名次。
有關競賽路線：馬拉松組(四十二點一九五公里)：九十八年一月三日上午七時三十分於國立金門技術學院集合，八時起跑，並限時七小時完成。路線為：國立金門技術學院（起點）│左轉環島西路二段│右轉民權路│右轉光前路│慈湖路（金寧自行車道）│頂林路│左轉瓊安路│左轉環島北路三段│右轉高陽路│右轉農試所│右轉太湖路二段│中央公路│伯玉路│伯玉路二段│右轉接環島北路│右轉大學路│國立金門技術學院（終點）。
半程馬拉松組（二十一點零九七五公里）：九十八年一月三日上午七時三十分於國立金門技術學院集合，八時起跑，並限時四小時完成。路線為：國立金門技術學院（起點）│左轉環島西路二段│右轉民權路│右轉光前路│慈湖路（金寧自行車道）│頂林路│左轉瓊安路│右轉環島北路二段│大學路│國立金門技術學院（終點）。
路跑組（十公里）：九十八年一月三日上午七時三十分於國立金門技術學院集合，八時起跑，並限時九十分鐘完成。路線為：國立金門技術學院（起點）│左轉環島西路二段│右轉民權路│右轉光前路│慈湖路（金寧自行車道）│右轉東坑│右轉接頂林路│右轉接大學路│國立金門技術學院（終點）。
健康休閒組（五公里）：九十八年一月三日上午七時三十分於國立金門技術學院集合，八時起跑，限時三十分鐘完成。路線為：國立金門技術學院（起點）至環島西路左轉│右轉民權路│右轉光前路│慈湖路│右轉下埔下村│經往頂埔下│右轉至國立金門技術學院（終點）。參加休閒組應於途中領取認證卡，憑此卡及號碼布與兌換券，才能領取紀念品。
籌備組指出，這項活動所規劃風味小吃分三個攤位，報名參加休閒組路跑者只能在休閒組換取風味小吃。小吃設有麵線攤及鹹稀飯攤於上午九時才開始供應。競賽組請在競賽攤位領取小吃，十時方開始供應。
中華民國路跑協會表示，參賽選手中，外籍選手有坦尚尼亞、波蘭、俄羅斯、肯亞的4位好手，另外，中國大陸有57名選手利用小三通到金門參賽。為配合路跑活動，同時與金環球旅行社合作，推出套裝馬拉松行程，選手可以順便帶家人前往金門觀光。希望藉由他們的帶動，讓國內長跑成績更上層樓。