行政院經建會已於日前召開的委員會議中，討論通過交通部提報之「金門水頭碼頭區擴大小三通設施改善工程計畫」、「澎湖國內商港建設計畫」、「馬祖地區海運港埠建設計畫」等航港建設三項中長程個案計畫，未來將對於提振景氣及區域均衡發展，有效改善離島交通設施等課題，產生實質及正面之效益。
其中，「金門水頭碼頭區擴大小三通設施改善工程計畫」係交通部有鑑於金門國內商港九十六年客運量已達七十二萬人次，九十七年擴大小三通政策實施，預期該港旅運量將持續成長，為提升港埠設施容量及提升服務品質，擬辦理本計畫。
計畫內容主要係辦理金門水頭碼頭小三通專用浮動碼頭增建、通關空間擴充及小三通專用碼頭貨運通道工程，計畫期程預計至民國一百年十二月，總經費初估約新台幣三點一億元；經建會預期，本案應可有效提昇金門小三通客運服務品質，提高兩岸旅客選擇經由金門中轉及旅遊意願，強化港埠設施功能。
交通部提報的這三案，經提報行政院經建會第1347次委員會議討論，獲致結論：上開案件有助於提振景氣及區域均衡發展，達成改善離島交通設施目標，符合行政院「振興經濟新方案－擴大公共建設投資」政策目標，核有需要，原則同意。
據了解，離島建設近期因博弈產業而受矚目，行政院經濟建設委員會通過澎湖、金門、馬祖三個離島地區的建設計畫，可望改善離島中長期的航港基礎建設品質。此外，有鑑於金門國內商港去年客運量已達七十二萬人次，交通部表示，擴大小三通政策實施，預期旅運量將持續成長，因此將強化金門水頭碼頭小三通專用浮動碼頭增建等，可望提昇金門小三通客運服務品質。