從縣立到署立，這四年時間金門醫療體系發生重大變革；不變的仍是提昇金門整體醫療服務品質，這也是縣民上下一致的期盼。今年縣府除了落實緊急醫護照顧服務外，更投入二千四百餘萬元推出獨步全國的婦女醫療照顧政策；並且全力協助署立金門醫院完成興建綜合醫療大樓計劃。另外，值得一提的是，三聚氰胺風暴造成民眾心理恐慌，地區雖無法進行檢驗，及時下架、稽查、抽驗，為民眾飲用安全做好把關工作。尤其，今年實驗室通過「乙醇」檢驗認證，更為縣民健康基礎之食品安全衛生檢驗注入強心劑。
提昇金門整體醫療服務品質是縣府一直以來努力的目標和方向，在新舊政府交接之際不免讓人擔心離島醫療發展的未來；然而，去年下半年衛生署三任首長在三個月內陸續抵金視察醫療衛生業務，並實地勘察新建醫療大樓用地和聽取簡報，尤其，衛生署署長葉金川曾指出：「每位金門縣民都有權得到適當的醫療照顧，不分中央、地方，政府則責無旁貸」；葉署長也說：「新建醫療大樓興建不能再拖，最好能夠趕在一百零一年前完工啟用，讓金門醫療馬上向前向上提昇」。這不僅讓地方看到中央對金門離島醫療的重視，也讓地區期盼規劃多年的綜合醫療大樓興建案看到初步的藍圖和願景。
近年來，署立金門醫院也在縣府的全力支持下，有效執行病人不動醫生動、在地就醫等醫療政策，並在金門地區醫療給付效益提昇計畫（IDS）、衛生局相關補助計劃支助下，開設心臟節律器、小兒心臟科、小兒神經科、心臟內科、神經內科、胸腔內科、骨科、眼科等特別門診，提昇特殊專科門診醫師人力，改善金門在地缺乏專科門診需求，讓金門鄉親就醫多了選擇性。
衛生局今年度歲入預算一億一千六百八十四萬五千四百元，歲出二億七千七百七十九萬九千零五十四元，餘絀部份包括中央離島醫療基金及相關醫療補助。
其中，含專案補助署立金門醫院，提昇縣民就醫服務品質及加強醫療衛生人員專業知識之六項計劃，補助掛號費、加強金門醫院醫療資源及服務品質計畫、烈嶼院區住院維持計畫、遠距醫療及會診計畫、病人安全暨洗腎計畫及提昇醫事人員服務品質計畫，總計金額為新台幣4,143萬5,800元。
另外，九十七年度（至十一月止）直昇機後送緊急傷病患案件，共計執行七十趟次，轉送六十九人次；而在民眾申請直昇機安寧返鄉方面統計至十一月底止，也有六十趟次：在民眾轉診赴台就醫交通補助上，統計至十二月十五日止，共有六千五百五十八人次，其中補助病患五千四百二十二人次，新台幣887萬6,168元；陪同家屬一千一百三十六人次，花費新台幣141萬8,473元，總計款新台幣1,029萬4,641元；較往年略為提高。
今年度縣府除增強緊急醫療照顧、落實醫生不動病人動、提昇醫療在地化等服務外，更分三年編列二千四百餘萬元的經費，推出獨步全國的免費婦女子宮頸癌疫苗接種計劃（該疫苗需接種三劑），分三年執行。其中，第一階段接種對象為十六至十八歲就讀金門高中、職者，共計有六百二十五人次完成接種；第二劑共有六百○五人完成接種；再來，自九十七年十一月一日起開放之設籍金門滿五年，未就讀金門高中、職之十六到十八歲女性，共有二十九人次逕至各衛生所完成該苗疫施打，年度總計有六百五十四人完成接種作業，據衛生局統計，接種率為七成一，疫苗推出之初就能有高達七成的接種率，實為難得。
而為擴大照顧對象，該疫苗自九十八年一月一日起，將接種年齡層向上延伸至二十六歲，未來更將規劃下調至十二歲，與衛生署認可之符可接種疫苗對象十二至二十六歲政策同步，分期擴大接種對象，進行女性免費接種作業，讓地區新一代女性能在政府的照顧下，獲得有效保護，並做好預防工作，免受疾病的威脅。
地區規劃已久的興建綜合醫療大樓案，在縣府的支持下，由衛生局協助署立金門醫院進行土地取得、承租等業務，案經署立金門醫院向衛生署提報計畫，其總工程12億940萬7,760元，經費由行政院衛生署編列。其中，包括醫療大樓興建工程9億8022.95萬元、醫療儀器費用2億元、整修工程費用2,917.82萬元等。衛生署署長葉金川於抵金視察衛生業務時表示，希望綜合醫療大樓能夠在一百○一年前完成並啟用，並委由北榮協助署立金門醫院完成PCM作業。
硬體設備在中央地方的正視下有譜，也有了基本的規劃藍圖和願景，在醫師人力的補齊上，縣府也有諸多努力，包括培養公費醫事人員上，依醫事人員養成計畫，衛生署養成之公費生共計三十八人，其中，在學有三十六人，含醫學系三十一人、牙醫學系三人，藥學系二人、另申請受訓及返鄉服務的各一人，均為藥學系之公費生。
而在「行政院衛生署原住民及離島地區醫事人員養成計畫」方面，經縣府積極爭取，中央允諾九十六年至一百年間，提供五年四十五位醫學系學生的養成計劃，包括，九十六學年度金門地區已錄取八人；九十七學年度已錄取十三人。
年度地區在衛生檢驗實驗室自主衛生檢驗工作上大有所為。九十七年度獲衛生署補助局、所醫療儀器設備費新台幣117萬3,150元整；檢驗儀器地方款326萬元整，增加專業技術能力及充實專業設備後，地區食品衛生檢驗專業技術不斷向上提昇，順利通過「乙醇」認證，為縣民健康基礎之食品安全衛生檢驗注入強心劑。而未來將朝新增檢驗項目：農藥殘留、人工甘味劑、四環黴素等檢驗及認證而努力。
就金門醫院服務政策未來施政方針上，縣府有意在金建造健檢中心，並於九十七年十二月委由榮民總醫院抵金進行評估分析報告，讓縣府提昇醫療服務品質上有更進一步的發展，縣長更期許能在新大樓完成之前就先有專業健檢中心的進駐，讓鄉親能接受專業的醫療檢查，達成早期發現早期治療的疾病預防不二法門。
衛生局也進一步分析指出，金門醫療體制近幾年來有重大的變革，在中央和地方政府的襄助下才能有今日的成長，雖然仍未符合鄉親的期待，但期許在新建綜合大樓完成後，署立金門醫院能夠有醫學中心級的醫療及服務品質，立足金門放眼廈門，造福兩岸更多的民眾，有朝一日成為金廈民眾就醫指標。