行政院經建會已於日前委員會議中，討論通過交通部提報之「金門地區港埠建設計畫」計畫書案，未來將對於提升兩岸通航客運服務品質，提振景氣及區域均衡發展，有效改善離島交通設施等課題，產生實質及正面之效益。
「金門地區港埠建設計畫」之計畫緣起，係因小三通於九十七年擴大開放後，金門國內商港水頭碼頭區客運量有所成長，於尖峰時間各項港埠通關設施空間已漸呈現不敷需求情形，已非調整旅客動線等管理措施所能因應，另大小金門客運浮動碼頭設施亦不足，均亟需由硬體面進行各項設施之改善；另料羅港碼頭因使用年代已久遠過於老舊致安全性不足，亦有整建之必要，爰擬進行本計畫。
計畫內容主要係辦理以下工程，包括：水頭港區部分：增設小三通浮動碼頭工程、小三通通關空間擴充工程、小三通專用碼頭貨運通道工程（行李人車分流設施）、大小金門客運浮動碼頭增建工程；料羅港區部分：辦理料羅港碼頭整建及港池水域浚深工程。
根據經建會表示，上述計畫總經費合計約十點六億元，期程自九十八年一月至一百零一年十二月。而案經提報經建會於九十八年二月二日第1351次委員會議討論，獲致結論：本案應可提升兩岸通航客運服務品質，提高兩岸旅客選擇經由金門中轉及旅遊意願，強化港埠設施功能，有助於提振景氣及區域均衡發展，並達成改善離島交通設施、提升國家競爭力之政策目標，核有需要，原則同意。