近年來因為公共建設頻繁，自來水管不時會受到工程損壞；金門自來水廠表示，這就是自來水出現濁水的主因，並不是淨水場出水的水質不良或是供水不穩定，希望鄉親能夠理解。
今年一月二十二日，田墩地區的自來水流出濁水，造成民怨；金門縣自來水廠慎重其事，做了解釋│據金沙服務所的說明，今年一月十九日，文化園區聯外道路的施工廠商不慎挖損五龍山水塔的六吋供水管線；由於水壓變化，造成管垢釋出，水塔內的水質受到污染，包括田墩、官澳、西園等地的用戶，都受到波及。
經搶修及後續排泥，於一月二十日、二十一日陸續恢復供水，但部份地區屬於管末，雖然已及時排泥，管內既有的污水仍無法完全排除，因此田墩地區至一月二日仍有水質污濁的情形。
自來廠表示，近年來因公共建設頻繁，包括道路擴建、污水接管、社區營造和美化、公共管線工程等等，使自來水管線不時受到施工損壞，且大多是無預警的意外事故，這就是影響供水品質的主因；若田墩鄉親確實感受到出現濁水的頻率很高，原因大多是施工造成，並非淨水場出水的水質不良或是供水不穩定。
廠長翁自保表示，自來水廠對於金東地區之水質改善比任何人都急，近年來，已進行了各村里管線汰換、湖庫浚渫、售水站興建、水庫增闢、大陸引水、高級處理單元的規劃、加藥自動化、上游河川整治及水源環境維護等等，這些都是在為金東地區的供水改善做努力。
金沙地區的水源水質在旱季的總溶解固體及氯鹽偏高，傳統淨水單元無法去除；民國九十五年，因大陸供水計畫還沒有著落，自來水廠為了有效改善金沙地區的自來水水質，已於現有的榮湖淨水單元規劃了後段高膜處理單元，並於九十七年底完成細部設計，但因大陸引水計畫出現新契機，為了避免投資浪費，才暫時擱置計畫。
在淨水管理方面，雖然各淨水場的處理量都是屬於一萬噸以下之的極小型淨水場，但麻雀雖小五臟俱全；不論在管理、操作、維護及水質等各方面，為求慎重，自來水廠從民國九十五年起，就依照水利署對十萬噸以上淨水場的評鑑模式，每年兩次（期中及期末）對各淨水場實施操作管理評鑑，並作成量化的評比。經過數年的評鑑及改善，已使淨水場的操作管理步入正軌。
在加藥精準度的管控方面，混凝、前氧化及後消毒皆已改為自動計量控制之方式，以符合科學管控模式。
榮湖淨水場使用藥劑的方式，目前仍採用「次氯酸鈉溶液」作為前氧化及後消毒藥劑；此藥劑極易與有機物作用，生成總三鹵甲烷副產物的潛勢也較高，因此近期將引進「二氧化氯發生器」，採現場製造二氧化氯藥劑來取代原本使用的「次氯酸鈉」；預期將可降低自來水中總三鹵甲烷之濃度。
翁自保指出，金門自來水廠近年在金東地區所做的供水改善，投資的經費相當龐大－在原水水量及水質提升方面，已增建了山西水庫及下湖水庫，改善了蘭湖水庫。九十四年已完成榮湖水庫的浚渫，目前正在進行太湖抽砂浚渫。另外，田浦水庫將於今（九十八）年辦理抽砂浚渫。
在管線新增及老舊管線汰換方面，已配合道路及鄉村整建工程，完成了多處路段幹管及家戶配管的管線新增及汰換工程；已完成的地區包括：塘頭、英坑、何浦、榮光新村、太武山路段、榮湖淨水場到洋山、榮湖淨水場到里公所、田墩文化園區、美人山水塔到西山前、榮湖淨水場到五龍山水塔、擎天水庫到高陽路、高坑到光前溪、山西到山后段、文化園區聯外道路、夏興過路段、料羅圓環、「TP15」（軍事據點）到花崗石醫院、太武山銅像到太武墓、湖前水塔段等。
今年（九十八）年度，西園、官澳、青嶼、田墩、汶沙里、斗門到中蘭段等地區都已列入汰換管線的範圍；未來還會增編經費，針對管齡較長的地區，進行更新，以期消除因管線老舊積垢所造成之污染，並降低漏水率。
鑑於金東地區自來水的口感較差，自來水廠已陸續興建了瓊林地下水售水機兩座、榮湖淨水場逆滲透造水機四座及免費地下水取水龍頭一座、中正公園海淡水售水機三座；又在山后、官澳、太武社區、信義、成功、料羅等六處設了逆滲透加水屋；此外，還分發取水用的塑膠桶給各地用戶，讓用戶除了取用自來水之外，還有更多的飲水管道可供選擇。
在水源區的部分，為了保育上游集水區，自來水廠於九十六年度向中央爭取經費，辦理了光前溪及前浦溪的河川復育工作，包括河道整治、上游湖泊浚渫、魚巢及石籠護岸等工程，藉以自然淨化水質並恢復河道暢通。自九十四年度起，則辦理水庫環境委外維護工作，即時針對布袋蓮、雜草、落葉及垃圾予清除，以確保蓄水環境不受污染。