金門各水庫的集水區同時也是生活及農牧區，水源並不符合取用標準，但自來水廠把惡化的原水處理之後，合格率已經能達到百分之九十八以上。
金門自來水廠認為這是得之不易的成果；但若要讓水質的合格率達到百分之百，還是得要仰賴大陸供水，較能同時滿足金門地區對水量與水質的需求。
金門自來水廠廠長翁自保表示，由於地理環境的限制，金門各水庫的集水區，同時也是生活及農牧區，不像台北的翡翠水庫或其他大型水庫，能有受到保育管制及森林涵養之廣大集水區。
目前金門地區所有湖庫水源水質並不符環保規定的水源水質標準，但為了居民用水，不得已仍必須取用做為自來水的水源。
自來水廠所採用的傳統淨水單元（金東地區為榮湖淨水場和太湖淨水場，烈嶼地區為紅山淨水場），經過不斷改善淨水及供水管理之後，近年來經處理之後的自來水出水水質，受檢的合格率不斷提升，目前已將達百分之九十八以上。不論是水源或是淨水，自來水廠仍會持續不斷地努力改善。
根據翁自保的說明，以目前金門地區的水源、水質現況，要讓出水水質提升到百之百符合飲用的合格率，除了在淨水管理要更加用心之外，還要增加高級處理程序，例如薄膜過濾；然而，高級處理的操作成本較高，原水的用量也比較浪費，以金門的發展趨勢來看，未來的需水量將會大增，但水源、水質的改善空間卻相當有限，如果能從大陸引進較優質水源，就可以一併解決水質及水量問題，這才是長久之道。
在大陸引水方面的努力上，金門自來水廠早在六年前就已經開始推動，並已陸續完成先期的規劃和評估及海域環境調查和地質鑽探；這六年間，還進行了相關資料的蒐集和引水計畫的提報，並與大陸方面進行供水協商。經過上述的努力後，只待中央政策確定之後，就可以進行細部設計和施工。等計畫定案後，後續的工作就在陸方原水引進後，施行淨水處理及供水配套設施。