根據水利法規定：「水為天然資源，屬於國家所有，不因人民取得土地所有權而受影響。」縣府工務局表示，不論個人、公司、團體，欲取得地面水或地下水之使用或收益權，都必須依據水利法規定之水權登記程序辦理申請登記手續，並依法取得所需水量。　
　自戰地政務解除以來，本縣投下不少經費進行水資源開發，卻仍無法完全擺脫缺水之苦；由此可知，水資源的重要可見一斑。縣政府工務局說，水資源係屬有限之天然資源，能否有效利用攸關民眾生活與產業發展，為其可供取用之量與質具有不確定之風險，需仰賴長遠而完整之規劃，方可使水資源得以永續利用與經營。
　縣府工務局表示，早期，金門地區並無水權管理；因近年發展觀光事業及農民灌溉作物，私自掘井嚴重，且大幅度抽取使用，恐致地下水超抽致地層下陷。又因，金門四面臨海，湖庫大部份接近海邊，遭海水入滲影響，造成鹽化現象」以小金門三個水庫(枯水期之氯鹽濃度高達748mg/L)及大金門之榮湖及金沙水庫(枯水期之氯鹽濃度高達324mg/L)為甚。有鑑於此，縣政府依「水權登記審查作業要點」地下水抽取使用管理，以為確保永續利用主要水庫水源。　
　縣府工務局說，為確實掌握取用水資訊，政府部門則藉由「水權登記」制度，進而審度國民生活需要及社會經濟發展趨勢，合理有效地管理及分配使用水資源，並釐定及保障取得水權者之用水權益，協調取用水紛爭，以提高水資源運用的安定性、經濟性、效率性與永續性，謀求國家社會整體利益及民眾福祉。　
　何謂水權？工務局說明係根據水利法的定義，指的是「依法對於或地下水之取得使用或收益之權。」至於水權之取得，根據水利法規定：「水權之取得、設定、移轉、變更或消滅，非依本法登記不生效力。」　
　縣府工務局指出，中央政府為有效管理水權事宜，於90年依水利法第90條規定訂頒「水權登記收費標準」，91年1月1日施行，水權登記依每一案件分別收取，登記費為新台幣1,200元，水權狀費或臨時用水執照費為新台幣500元，履勘費新台幣500元，金門縣政府據以執行。
工務局表示，縣府自91年開辦水權業務以來，民眾紛紛依其規定辦理水權登記，使能得以有效掌控地下水的使用情形。而縣府為體恤不識字之申請者，提供代寫之服務，而申請水權登記所需檢附之土地登記謄本不僅在金寧鄉地政局可申請，縣府服務台亦可申請。　
　根據水利法及其施行細則之規定，人力取水免為水權登記，機械動力引水及汲水不為簡易方法引水，不論每分鐘是否一百公升以下，為免有超抽情勢，妨害公共水利事業，皆須申請水權登記。　
　縣府工務局說，據調查資料顯示，本縣目前部分地區已有超抽之情形，為防止造成海水入侵或地層下陷等重大損害，以提升金門地區地下水資源之充分利用；以及為避免破壞地下水資源之生態，及影響本縣金酒每年百億元經濟命脈等多重考量，金門縣政府著手辦理地下水調查及開發研究，配合現有16口觀測井監測水源監測網系統，並對於既有水權者除辦理移或變更登記外，未來對於申請水權登記將酌量予以限制，可永久享有優先續辦之權利，不受其限制。　
　縣府工務局指出，登記水權之取得不但獲得法令的保障，在降雨不穩定的金門地區亦可避免無水可用之窘境；落實水權管理實為水資源管理中的重要環節，也是一種必要的行政措施，扮演著水資源開發與利用間協調核心之重要關鍵，讓政府得以處理水利行政及監督水利事業之興辦，釐定各標的取用水人之間的權利義務，減少取用水糾紛之產生。因此水權登記制度對本縣稀有水資源的掌握與合理分配，扮演著重要而關鍵的角色。
　縣府工務局表示，縣府承辦單位考量減少民眾不便及負擔，已依縣長李炷烽指示檢討各項便民措施，並向中央主管機關協調可否再簡化申請文件或相關規費，俾利政策之貫徹，使民眾可以更簡便取得合法的用水權利，也對水資源的保育盡一份心力。