彰化與雲林兩縣，接連發生毛豬口蹄疫，成了各地關注的火線話題；金門縣過去從未發生過豬隻口蹄疫，相關的防疫工作也一直按部就班，定期或不定期地執行，防疫所所長莊謙恭表示安全無虞。
根據防疫所的統計，截止今年一月一日，金門地區的養豬戶共有一百三十三戶，飼養的毛豬總數約一萬五千頭（九十七年一月一日到十二月三十一日共一萬五千二百八十六頭）。
為了監控豬瘟及口蹄疫，防疫所是依據「豬瘟及口蹄疫撲滅計畫」，定期到肉品市場隨機取樣每戶的豬隻，並進行採血及送驗；樣本送台灣動物科學研究所檢測。每季採血的對象還包括各養豬場各生長階段的豬隻；目前為止，一般抗體力價表現良好。
由於金門從未發生過豬隻口蹄疫，除了種豬及黑豬外，自九十六年十一月中旬起，其餘豬隻都已停止施打口蹄疫疫苗，採取監測豬場及肉品市場豬隻抗體情形做為防疫的手段，並宣導各養豬戶做好自衛防疫，於每周三進行消毒。
防疫人員每週會訪視養豬場，查察豬隻健康狀況，並填報「階段性停止施打口蹄疫疫苗進度表」，然後送交防檢局備查。長期以迄目前，並無異常情形。