金門縣政府將辦理「九十八年度教師教學卓越獎」初選作業，初選方式並採自薦與他薦（教育局、教師會、家長會或其他立案教育團體推薦）二種舉薦方式。報名與資料送件日期，自即日起至九十八年四月十日止，由自薦與他薦者於截止日下班前寄（送）達各項參賽資料，送教育局學管課彙辦，逾期不予受理，資料受理後不得更換。
金門縣政府教育局指出，這項「九十八年度教師教學卓越獎」初選，目的係為獎勵致力教材教法及教具之研究、改進或創新、發明，把握班級經營及輔導學生適性發展，並針對教育政策研擬教學方案及計畫表現卓越之教學團隊。
對象方面，包括：（一）參加對象為金門縣各國民中、小學及幼稚園之教學團隊。（二）前項教學團隊，指金門縣具有合格教師資格之現職專任或代理教師三人以上所組成之團體（代課及實習教師不得參加）。（三）教學團隊組成之所有教師三年內均未曾獲得本獎之最高獎項者。
教師教學卓越獎分組方式，係分成幼稚園組、國小組、國中組三組。
遴選條件，符合九十八年度教育部重要教育政策推行方向，並具下列各款條件之一：（一）致力教材教法及教具之研究、改進或創新、發明，經採行確具成效者。（二）活力班級經營及落實輔導學生適性發展，成績卓著者。（三）依教育政策擬訂教學方案及計畫，經實施足資採行推廣者。
評選方式，初選採自薦與他薦（教育局、教師會、家長會或其他立案教育團體推薦）二種舉薦方式。並以書面審查、口頭發表並參考教學現場觀察紀錄資料為原則。國中組、國小組及幼稚園組由金門縣就舉薦之教學團隊評選後，推薦參加複選。
審查方式，評審委員就各團隊書面資料及觀察記錄表先行審查。發表時間共三十分鐘（含口頭發表十五分鐘、評審提問十二分鐘及轉場三分鐘）。口頭發表應善用現代資訊媒體，使用簡報軟體或光碟並結合燈光、音效及口語解說呈現。各分組發表審查完竣，由評選委員共同議決得獎名單。
至於複選方面，以發表會審查並參考教學現場觀察紀錄資料為原則，由教育部評選後核定；教育部得委託地方政府、機關、學校或專業機構辦理評選。有關推薦團數上，各組推薦一團隊參加教育部複選，另圈選二團隊為地方教學卓越獎優勝團隊。
而在初選評選委員會方面，金門縣初選評選委員會分幼稚園、國小、國中三組，每組五人包括辦理機關代表一人、教師代表一人、學校行政主管代表一人、家長代表一人、學者專家社會公正人士一人。評選方式，書面審查及當場報告，各組擇選三件，優選一件報教育局送審，參加教育部複選。另入選一至二件，為地方教學卓越獎優勝團隊（視送件團隊數量多寡衡酌增減）。審查指標，教學理念與過程佔百分之五十、教學創新與績效佔百分之五十。
金門縣推薦教育部教學團隊數方面，幼稚園組、國小組、國中組各推薦一個團隊。獎勵方面，經教育部複選獲獎之教學團隊，金質獎團隊給予新台幣六十萬元，銀質獎團隊給予新台幣三十萬元，得獎金額得從事教學考察、教學研究或協助弱勢學生之公益用途，教學團隊頒給獎座乙座及每人獎狀乙張；另為避免受獎團體以同一事由重複受獎，曾獲選教學卓越金質獎者，三年內不得重複被推薦。而經金門縣政府初選為入選之教學團隊，每團隊給予獎金新台幣一萬元（後若經教育部複選通過，並獲金質獎、銀質獎、佳作獎而得其獎金者，則金門縣政府將不再加發此一萬元之獎金），得獎金額得從事教學考察、教學研究或協助弱勢學生之公益用途，教學團隊頒給獎狀各乙紙。獲選教學團隊之教師依據「公立高級中等以下學校教師成績考核辦法」第五條第九項給予嘉獎一次。