攸關離島發展的離島建設業務，行政院經建會已依行政院長劉兆玄指示，移交內政部賡續辦理。
行政院經建會於九十三年九月接辦行政院離島建設指導委員會及離島建設基金運作相關業務，期間確立離島永續發展之政策方針，採更為整體性、系統性方式規劃建設，並配套完成相關基金運用及補助計畫審議等之制度性變革，其階段性任務已告完成，因此依照行政院長劉兆玄指示，於九十八年二月十三日將離島建設業務移由內政部（營建署）賡續辦理。
經建會自九十三年九月起承接離島建設業務，為使離島建設朝向永續發展，經行政院離島建設指導委員會於九十四年三月二十八日第九次會議核定實施「離島建設業務檢討及改進方案」及「促進離島永續發展方針」，並據以自民國九十五年度起，將離島建設基金之運用方式，由過去全數用以補助地方辦理公共工程建設，修正改採補助、投融資並用，以鼓勵民間投資，加速帶動離島產業發展，目前融資通過三案，金額六千七百萬元。
而有關年度補助計畫方面，則改以離島特殊性項目為限，一般公共建設計畫則回歸由公務預算補助辦理，以落實離島建設條例之立法精神；其提案係由各離島縣市政府依據其第二期綜合建設實施方案（九十六至九十九年）循序提出申請，輔以嚴謹的計畫審核程序及管考協調作業，以落實整體規劃建設，有效提升計畫品質與成效。至於上開變革，經建會指出，在各離島縣市政府以及中央各部會四年來的共同努力下，各項業務均已步入正軌，計畫效益並逐步顯現。鑒於經建會之職能係以政策規劃、制度建立為首要，目前離島建設業務制度化建立之階段性任務已告完成，爰依照行政院指示將離島建設業務回歸內政部接續辦理。