久旱不雨，金門地下水位降低，地面湖庫水質已出現嚴重藻華現象，水源相關指標污染物濃度增高，淨水困難度提升。自來水廠盼望中央能通過自「大陸引水」的重大水資源政策，因應未來水量成長之需求，也可以徹底且立即的改善金門的自來水水質，符合金門縣民的期望。
水廠指出，金門地區之地下水位已明顯下降，據該廠監測井水位統計分析資料顯示，自97年11月初以後就未再下過大雨，四個月以來，大部份監測井之地下水位已明顯下降了0.2公尺至1.8公尺不等，且大部份監測井之地下水位比起去年同期之水位皆有降低現象，16口監測井中以開瑄國小、金寧中小學、柏村國小、農業試驗所及金酒寧山庫降幅為甚，其他各井之下降幅度尚不致十分明顯，但以去年（97）前三季雨量均豐之情況，地下水位有如此之降幅，已顯見地下水水位有逐年下降趨勢，若未來雨季補注不明顯，水廠十分擔心，恐影響金西地區之自來水供應及金酒公司之釀造用水。
又據金門自來水廠近日觀察表示，自去年11月初至今，未再下大雨，雖然大多蓄水庫水位已明顯降低，但因去年10月之前的降雨量較均勻，所以蓄水量尚能撐到今年颱風雨來臨，不過由於近期天氣回暖，霧氣又濃，水庫水長期滯留，無更新作用，已引起部份飲用水湖庫水面已出現大片藻華現象，尤以太湖尤甚，已連續數天可在太湖湖面見到綠油油的一片。據該廠表示，具有藻華現象之原水將增加淨水場消毒藥劑之用量，因而會提高消毒副產物之生成潛勢，淨水掌控極為不易。除了藻華現象之外，烈嶼鄉和金沙鎮的主要飲用水水源，亦因為久旱不雨的結果，使得「總溶解固體量」明顯提升，尤其是西湖和榮湖，自98年1月份起，已連續兩個月監測原水總溶解固體量逾500PPM，除非以膜處理程序（目前無此單元），否則現有該廠的各傳統淨水單元無法完全將此些離子物質去除達到環保法規標準（限值為500PM），而且此些離子物質會影響淨水混凝效果，使淨水困難度提升，但水廠表示，將儘全力讓淨水水質符合標準。
水廠表示，除了所提及的地面水源「藻華現象」明顯及「總溶解固體量」升高之外，依該廠檢驗室水源水質監測結果，本（2）月份各湖庫「總有機總機碳」濃度測值皆比1月份測值高出許多，使得原本不符水源水質標準的原水之本項污染指標益形嚴重，顯見久旱不雨已使水源開始惡化，而總有機總機碳是消毒副產物的反應先質，該廠亦擔心若再不下雨，湖庫水源將持續為滯留死水，爾後數月氣溫逐漸升高會使得淨水更加困難，恐影響供水品質。
自來水廠廠長翁自保指出，金門地處離島，集水區面積小，年雨量未及台灣之一半，亦無高山可涵養水源，且雨量集中於每年的4至9月，水庫之蓄水容量亦屬小型，雨季時期實在蓄水有限，不但水資源缺乏，且集水區皆為農牧生活區，原水水質易受污染而改善不易，使淨水困難度和不確定性均極高，雖採高級處理及海水淡化可以解決水質問題，但前者浪費水資源，後者則成本甚高，故該廠秉承李縣長「從根本解決問題，使縣民喝好水」之指示，極力推動自「大陸引水」作為未來水資源開發之方向，一來可因應未來水量成長之需求，二來可以徹底且立即的改善金門的自來水水質，能符合縣民的期望，中央若能通過此項重大水資源政策，將是縣民之福。