國立金門高職自九十七學年度恢復收取每人新台幣五千四百元的「學費」。據金門高職表示，此乃因九十七年底審計部到校查帳發現校方未依教育部規定收取學費不斷提出指正並且電話告知要依規定收費，並於九十八年一月廿日函轉教育部中辦要求查明原因；校方則於九十八年二月十日收到中辦來函要求查明原因並調查相關疏失，且需依規定收取費用，故自九十七年度第二學期恢復收取學費。
校長陳水芳表示，過去依照試辦與職業教育為國民義務教育計劃方案未就地區學子收取費用。九十七年年底，審計部教育農林審計處到校查帳，發現校方未依規定收取學費，除要求提供相關資料並指正之外，也追究源頭並發現，過去依照試辦與職業教育為國民義務教育計劃方案是有年限的，業已至民國八十二年截止。
金門高職指出，審計部於九十八年一月廿日函轉教育部中部辦公室要求查明並做妥適處理；之後學校主計部門也接到來自審計部的電話，要求恢復收取每人新台幣五千四百元之「學費」；而學校也於九十八年二月十日收到教育部中部辦公室轉送審計處之來函，要求學校需依教育部收費標準收費，並應查明原因及調查相關人員疏失。
金門高職基於審計部以及教育部規定，自九十七年度第二學期恢復收取學費，校方表示，於寒假期間特別透過返校日學生領繳費單時由校長陳水芳向學生一一解釋及說明，並叮嚀務必回家告知父母，並且就低收入戶部份也於開學繳費截止前致電一一通知，並調查繳交情形若無法負擔者則將由校方協調家長會等先支應。
不過，據資深退休員工指出，未收取學費造福金門地區無數鄉親；審計處於九十二年時到校查帳有發現同樣問題，校方提出係依試辦與職業教育為國民義務教育計劃方案辦理，審計處未提出任何異議。再且，過去每年學校的經費預算以及執行情形均向上呈報，教育部、審計處也未提出任何異議。何故，去年審計處查帳時似乎特別嚴格，追究該方案的源頭，認為已屆滿故需收取學費，而此事若要追究相關人員疏失，恐怕教育部、審計處過去所有經手人員也難辭其咎。