針對浙江千人旅遊團入境金門小三通碼頭時，由於旅客通關空間狹窄，出現擁擠、混亂現象，一度「卡」在海關一事，金門縣政府表示，將加強現場輔導及服務，以及著手水頭商港服務中心入境處擴建，同時要求海關增設隨身型X光檢查儀，改善入境通關效率。
有關此次陸客入境發生狀況，高雄關稅局指出，中國浙江千人小三通赴台旅遊團，分成4航班入境，第1航次旅客338人，入境秩序良好，迅速完成通關入境手續；第2航班旅客300人，旅客年齡層較高，通過門型金屬探測器檢查時，因急於通過探測器，造成擁擠、混亂現象。
據縣府交旅局長林振查指出，這起狀況發生主要與在現場引導及服務人力不足有關，加上浙江千人旅遊團皆是首次入境金門，對環境並不熟悉，因心理恐懼行李遭人取走，急於通過門型金屬探測器檢查，造成門型金屬探測器前擁擠、混亂現象，經港務處人員及海關採取適當處理，也恢復通行秩序。
其次，水頭商港服務中心入境檢查室約40坪，現場配置X光檢查儀1部、門型金屬探測器1部、行李檢查檯及檢疫局櫃台，入境旅客通關空間狹窄也有相當大的關連；有關空間不足問題，林振查表示，縣府已著手水頭商港服務中心入境處擴建，預定年底前完成。
林振查也表示，第二梯次浙江千人旅遊團，今天將小三通抵金，交旅局已要求港務處協調港口單位進行作業協調與處理，此外，也將加強增派人力的引導及服務，可望協助大陸旅遊團快速辦理入境及通關手續，全力防範類似狀況再發生。