小三通變成垃圾也通嗎？有關大陸垃圾海漂到金門、馬祖與烏坵等地的污染情形嚴重，經金門相關人員曾經兩次特地到廈門交涉後，廈門巿從善如流今年將從源頭上堵截垃圾下海，且當地政協已在今年兩會上提交了「建立保潔隊伍」的提案，可望能解決兩岸海域垃圾的問題。
逢颱風季節、東北季風強，大陸的垃圾就全部飄洋過海吹到金門，導致金門北海岸沙灘全是垃圾，舉凡空寶特瓶、浙江著名的普陀酒酒瓶、廣東化學工廠的空罐子，還是俗稱「小烏龜」的走私船，隨著海水潮流夾帶的海漂垃圾，常遍佈海灘，呈現景觀環境紊亂的現象。
金門漁民常抱怨地指出，大陸的垃圾成功登陸，整片沙灘都是垃圾，再大件的都漂上來，害得漁民沒辦法出海去捕魚。金門的海邊早期多設為雷區，直到現在仍有部分未清除完畢，也不許有民眾貿然進入，才保有最美的海岸線，但現在大陸垃圾卻登堂入室。
針對大陸海漂垃圾問題，金門相關單位屢向大陸反映，據廈門媒體報導指出，去年，廈門市環衛處共打撈轉運海域垃圾4000餘噸，今年將力爭從源頭上堵截垃圾入海，期加強海域的管理，解決海域垃圾的問題，廈門巿市容環境衛生管理處副處長張金野說，今年將從源頭上堵截垃圾下海。
廈門巿市容環境衛生管理處副處長張金野也向大陸媒體表示，廈門海域的垃圾80%來自九龍江上游。為此，廈門市環衛處已經和漳州、龍海等相關部門協調過。當地政協已在今年兩會上提交了「建立保潔隊伍」的提案。
對廈門海域的垃圾，廈門巿將儘快建立起海域單位和海上船舶生活垃圾的申報、登記、收運體系。目前，已經和十幾家海域單位簽了責任書，類似於陸上的「門前三包」。而針對漁船的生活垃圾，廈門市已設立專門的收運隊伍，每天開一艘小木船來回收取。