為改善水頭碼頭旅客通關流暢，縣府昨假港務處召開「金門商港小三通通關設施改善暨二關一驗行李作業具體規劃方案」會議，副縣長楊忠全聽取相關單位提出計畫簡報，指示涉及中央相關部門問題的協調由交通部張次長來做，至於簡報中所提小三通通關設施周邊改善期程預定於十二月完成，二關一驗作業也配合於十二月份一併實施完成，請各單位對於擴大空間部分需求，要秉持「節省空間」先估計需求空間大小，然後由規劃公司確實規劃設計，再檢討提供使用。
對岸宣布開放大陸13個省份民眾透過小三通來台旅遊之後，金門水頭碼頭入出境旅客人數大幅增加，通關空間出現不足，以及上月發生浙江旅遊團擠爆通關中心狀況。財政局高雄關稅局副局長鍾清豐二日專程抵金研商水頭碼頭旅客通關暨行李檢查動線改善事宜，希望金門縣港務處計畫辦理擴建水頭商港服務中心時，首要擴充入境檢查室空間，並重新規劃入境整體動線，建置托運行李轉盤，以及改善相關硬體設施。其次也建議增加船公司地勤服務人員，以引導旅客和維護秩序，達到快速便捷通關之目的。
縣府召開「金門商港小三通通關設施改善暨二關一驗行李作業具體規劃方案」會議，於昨日上午十時在港務處五樓由副縣長楊忠全主持，出席會議包括交通旅遊局局長林振查、金門港務處處長楊廷標、車船處長許一傑、環保局長張國土（前任港務處長）、金門航空站主任洪念慈及三家航空公司主管、航警、港務處相關人員，並聽取港務處及車船處規劃方案簡報。
依據水頭港小三通浮動碼頭整體發展計畫，港務處在簡報中提出現有碼頭貨運通道工程，方案有行李貨車動線及行李貨車＋輸送帶二種，並針對船席空間、旅客通道空間之檢討提出報告，至於擴建碼頭之行李貨運方案及出入境空間擴建、躉船之施放位置等也提出報告研商改善之道，車船處長許一傑也報告二關一驗之出境入境動線。
縣府交旅局局長林振查指出，四月份尚有千人團要來，目前急於改善是入境安全檢查門，能於八日大陸一團大型觀光團來到之前，將入境安全門拆除，以利通關順暢。其次中庭整建工程應於七月份完成，所有小三通通關設施周邊改善期程預定於十二月完成，二關一驗作業也配合於十二月份一併實施完成。希望港務處先確定好標準作業程序，對規劃的目標、人貨作業模式要如何執行都要確定，在規劃設計上要能使用長久，年限不可太短。並指出四月十日在召開討論規劃檢討會議，決定各項事項，希望各單位先將需求早二天規劃好。
金門港務處處長楊廷標表示，出境空間原則上足以提供使用，入境空間希望各使用單位提出規劃需求，再檢討提供使用，但是規劃需求因擴大空間範圍有限，各單位力求落實空間需求，由規劃單位來設計使用空間。
楊副縣長強調說，行政院長非常重視金門水頭碼頭通關問題，希望相關單位配合、全力做好旅客通關暨行李檢查動線改善措施。並指示水頭碼頭通關問題涉及中央相關部門問題，地方政府沒有權限，將由交通部張次長協調來做。至於簡報中所提小三通通關設施周邊改善工程，應是先有需求再來規劃，請各單位對於擴大空間部分需求，要秉持「節省空間」先估計需求空間大小，然後由規劃公司確實規劃設計，再檢討提供使用。而急於完成有四月八日前入境安全門要拆除，以利通關順暢。其次中庭整建工程應於七月完成，其他期程預定於十二月全部完成，另二關一驗作業也配合於十二月份一併實施完成。