違章建築是各縣市的困擾！金門縣政府對於違章建築問題，除了將加強對民眾之宣導，以減少違章建築之增加及建築物既有之防火間隔影響人身安全之違章建築加強查報拆除；並將持續輔導既存違章建築之合法補照作業，以降低既存違章建築之數量。
金門縣政府為加強違章建築之措施，在違建查報情形方面，九十七年度查報違章建築計一百件、漏查漏報件數零件。違建勘查認定情形上，不構成違章建築零件，應拆除件數九十六件，合於補照並已完成件數四件，移送軍方處理件數零件，合計一百件。而九十七年度違章建築拆除之案件，共計十三件。
縣府建設局指出，有關違章建築申請補照時，依建築法第八十六條規定，處以建築物造價千分之五之罰鍰。九十七年度補辦建築執照案件共計四件，依規定收取罰鍰金額計新台幣一萬六千八百九十九元；至於拆除時之裁罰，將於執行強制拆除時，依規定針對違建行為人處以罰鍰外，並依「金門縣強制拆除違章建築收費自治條例」規定，向違建人收取強制拆除費用，有關強制拆除收取費用部分，因金門縣政府於排定執行強制拆除前，均配合自行拆除完畢，故並無收取強制拆除費用。
建設局指出，九十七年度上半年度抽查案件中，並無漏查漏報等相關案件。至於違章建築經費編列及執行情形（不含人事費）方面，金門縣政府九十七年度編列違章建築執行拆除預算，共計編列新台幣一百四十二萬二千元（含人事費、業務費），支出新台幣一百三十九萬四千五百三十八元，執行率百分之九十八，較去年提升百分之一執行率。
金門縣政府於九十七年度編列違章建築查報補助款，總計新台幣二十萬元整，每一鄉鎮公所核撥新台幣四萬元，各鄉鎮公所均按規定九十七年十一月三十日前檢據核銷結案。
建設局指出，有關對於違反建築法應移送法辦者，依建築法規定勒令停工後擅自復工，並經制止不從者，均依建築法第九十三條規定移送地檢署偵辦。惟查報案件中常因規模不大，且施工迅速，致造成在第二次查報時均已完工；九十七年度移送地檢署偵辦案件共計三件，其中二件經判定違反建築法罰鍰金額各為新台幣三萬元，另一件尚於地檢署審理中。
建設局指出，縣府於每月十五日前，並按月查報違章建築案件處理情形填報「內政部營建署統計資料網際網路報送系統（違章建築）」。
建設局指出，政府機關、學校違章建築處理情形方面，對於原列管在案之公有違章建築，應於九十五年底前自行清理完成（含拆除或補照），金門縣政府分別於九十四年九月二十日及二十九日兩天，分別召集各機關（含中央單位）及各學校全面輔導列管違章建築申請合法化或自行拆除清理作業相關事宜，截至九十七年底已完成補辦合法化者計有二十七件，其中尚未辦理完成者計有十三件（台電夏興發電廠三處、賢庵國小、古城國小、安瀾國小及垵湖分校）等六處，經查均已編列合法化相關預算，刻正積極處理中，其中部份涉及私有土地取得問題，已規劃配合徵收價購進行中，於年度內可完成解除列管。
建設局指出，查縣內目前尚無嚴重影響都市景觀頂樓違章建築及外牆附置物之情形。金門縣政府爾後將對新違建中頂樓、陽台等擴大使用者，加強列管拆除及有關防火間隔之違建，加強列管拆除事宜。而依違章建築處理辦法，針對占用騎樓嚴重影響公共安全之違章建築加強查報，並優先執行拆除，九十七年度拆除占用騎樓計有零件。
建設局指出，金門縣自制定「金門縣新舊違章建築劃分及處理自治條例」頒布施行以來，除對於新增違章建築之查報取締皆積極進行外，並於拆除業務方面極力爭取議會支持同意拆除經費之編列，此外並極力輔導既存違章建築之補照合法手續。惟因地區一般民眾守法觀念薄弱，且受限於民代議士制度之通病，時有發生議會因金門縣政府查處違建積極而揚言凍結縣府其他預算之情形（九十八年度計刪除違章建築查報相關預算計新台幣二十萬元整），致新增違建仍持續增加；又拆除經費編列困難，即使通過亦附加但書要求，僅同意縣府拆除「妨礙公共安全、阻礙公共交通及佔用公有土地者」，對於其他違章建築則要求縣府需在所有公有違建拆除完畢後始得執行，故而縣府拆除違章建築之數量及成效，仍難達到令人滿意之地步。