金門海水淡化處理成本偏高！以97年金門海淡廠生產海淡水38萬4001噸及自來水售價每度10.5元計算，則海淡廠營運一年，中央政府要補貼虧損4213萬6430元，不僅加重金門縣自來水廠之營運負荷，也增加政府之補貼負擔。縣長李炷烽認為，因應地區未來需求，水質及水量提升均為當務之急，若從大陸引進較優質水源，不但開發成本低廉，並可一併解決量及質的問題，才是長久之道。
金門自來水廠表示，政府為解決小金門水資源不足與常有缺水危機問題，特依據行政院核定之「離島供水改善計畫」，計畫於小金門以有償BTO方式興建一座日產950噸之海水淡化廠，唯自97年5月開始進行招商，每噸水處理費（含建設費及操作維護費）公告底價不得高於54.35元，但歷經四次招標，仍無人問津，使本海淡廠興建計畫受阻，無法順利招商。原因主要係公告底價過低，廠商認為無利可圖，甚至賠本，故廠商裹足不前，參與投標意願不高。
水廠也指出，目前大金門興建之2000噸海水淡化廠已經營運滿五年，依委外操作單位之實際成本，以97年為例，每噸高達35.62元，若再加計建設成本及利息，每噸攤提折舊費31.25元，則生產成本每噸水高達66.87元。對發電資源不足之離島金門地區來說，亦十分不經濟，亦加重自來水廠之營運負荷，與政府之補貼負擔。
水廠表示，由於海淡廠耗能且成本高，其經濟效益堪虞，縣長李炷烽也表示憂心，他曾指出，雖然目前離島自來水之營運虧損有離島水價補貼政策，但金門縣政府擔心未來海水淡化將隨著後續擴增建淡化廠的加入營運而提高整體自來水營運成本，降低了營運效益，恐中央補貼虧損之費用會激增。
水廠廠長翁自保指出，金門地區由於地理環境之關係，降雨量不足，不但水資源不足，且水庫集水區亦是生活及農牧區，水源水質亦無法符合環保標準，但為了居民用水，除了金西地區取用較佳之地下水源之外，金東及烈嶼地區不得已仍必須取用較差之地面湖庫水做為自來水水源。以目前水源水質狀況，要改善自來水水質除非增加高級處理程序(例如薄膜過濾)或採用海水淡化程序(例如逆滲透膜法)，但高級處理程序其操作成本不但較高，且原水用量亦較浪費，以金門水資源缺乏情況及未來人口成長之需水量發展趨勢，長遠來看並不合適，而後者之海水淡化程序，不但建造及操作維修費用高，且極為耗能，以逆滲透製程來說，每產1度(即1立方公尺)水約須耗費8度電能，對發電資源不足之離島金門地區來說，並不經濟。
縣長李炷烽也非常感謝中央政府為改善離島供水之付出與用心，他認為，水資源為民生必需品，除了以質為優先考量外，仍應朝著較低廉成本之開發方向進行。依目前金門大環境之變遷看來，預估未來需水量將會提升，且將來在水源水質方面之改善空間相當有限，水質及水量提升均為當務之急，若從大陸引進較優質水源，不但開發成本低廉，還可一併解決量及質的問題，才是長久之道。而採海淡水供應民生用水之定位，除了成本偏高之外，其水量亦不易提昇以符合人口成長需求，若要作為備用水源，以海淡水之高單位成本及操作技術上之特性，並不適宜。