交通部經邀集相關單位開會，研議小三通行李免重複查驗改善措施，預計今年五月底開始，購買小三通套票出境的旅客，行李可免重複查驗。
目前，以小三通往來兩岸的旅客，行李在機場及碼頭時都必須檢驗；交通部四月二十日與相關單位開會決議，五月底開始，由海關在金門機場設置檢驗處，行李自台灣各地機場抵達後經海關查驗封箱裝車，再由地勤或地接押運至水頭碼頭，行李經點交拆封送至客輪上。
有關入境部分，因必須配合金門水頭碼頭空間改善工程，預計十二月底開始辦理行李免二次查驗，由航警及航空公司派駐至水頭碼頭管制區，行李經海關檢查後隨即進行航安檢查，並封箱裝車直送金門機場機坪裝載，再送至台灣各地機場。