監察院就行政院執行小三通成效不佳，曾於民國94年提案糾正。事隔多年，監院昨通知行政官員到院質問後，要求相關單位在兩週內提出書面報告，屆時再研議結案或另起新案調查。金門縣長李炷烽帶領縣府三局室主管與會，對實施大三通後對金馬小三通所產生之衝擊及衍生問題檢討提出專案報告，並提出八大項攸關金門重大建設發展的建議。　
　金門縣政府昨天在監察院的專案報告表示，2001年元月1日金門與大陸實施小三通。2008年5月20日政黨輪替，新政府團隊執政後於2008年6月19日即由行政院通過「小三通人員往來正常化實施方案」，同年6月23日行政院核定「小三通人員往來正常化實施方案」。　
　縣府指出，其後在兩岸關係逐步解禁與開放的政策下，金門與大陸之間的人員往返、航運、商貿等關係在與國家兩岸政策的推展下，大幅度的往前邁進與開放，標識著金門「小三通」時代的結束。　
　縣府表示，新一階段「大三通」時代金門的角色與位置，已經是政府大三通政策中的一員與一部份；唯在政府三通政策的推動過程中，金門由於受原「小三通」政策思維的束縛，產生諸多行政作為的不足與不妥，造成基層國民期望的落差，亟需相關單位配合速謀改善。
　對於實施大三通後對金馬小三通所產生之衝擊，縣府表示，2008年6月19日行政院通過「小三通人員往來正常化實施方案」推動後，經由金門口岸進出之國際、國內、大陸旅客較政策實施前增加約百分之七十，金門尚義機場、金門港水頭通關中心之場站硬體空間產生容量不足、相關通關人力、設施未能配合擴充因應。　
　至於旅客劇增時備感吃力，服務評價低落，縣府說，經由媒體報導後形成負面影響損害國門形象及政府開放政策之美意，如不改善，將減低旅客經由金門進出之意願而影響經濟活動。目前相關軟、硬體條件雖經各部會研議正陸續逐步改善中，唯仍需加速推動以配合金門交通及旅遊產業發展營造親善環境。
　縣府也針對攸關金門重大建設和發展提出八大項的建議，內容如后：
　（一）速投資興建金門國內商港之「水頭港區」暨充實金門地區緊急救難設備與能力。
　（二）加速「金門尚義機場」擴建工程(陸側、空側)。
（三）金門口岸之配駐單位組織常態化。
　（四）速合理化「金門國內商港」經營管理體制，以符法制。
　（五）優先施建「金烈大橋」配合旅遊發展。
　（六）加速推動金門自大陸引水方案，以滿足實需。
　（七）可得直接輸入台灣地區之大陸地區商(產)品，由金門地區輸入後，應允許一體流通於國內地區。
　（八）大陸地區人士來金旅遊、交流得憑有效身分證件辦理落地簽作業。　
　另外，行政院和各部會提出實施大三通後對金馬小三通所產生之衝擊及各項軟硬體設施配合因應之道；有關兩岸小三通經修法後納入大陸事務規範，目前相關法制作業配合辦理情形；警政署如何建立兩岸制度化共同打擊犯罪機制；規劃建置金馬成為兩岸三地旅遊購物中心，目前辦理情形為何等專案報告。