國民黨黨中央核定金門縣辦理黨內提名作業，將從五月七日至九日受理黨員領表；五月十六日至十八日受理黨內登記，黨員投票訂於6月14日（星期日）上午8時起至下午4時止在各鄉鎮區黨部所設之投票所進行。金門縣黨部籲請有意爭取國民黨黨內提名角逐年底金門縣縣長選舉的黨員，共同遵守該項黨內提名作業的要點規定。
國民黨金門縣委員會表示，依據該黨98年縣市長候選人提名作業要點規定：各縣市提名作業分為三梯次進行，各縣市辦理提名作業之梯次，由各縣市委員會依據選情發展陳報建議梯次，如選情有變化，縣市委員會得專案陳報建議調整梯次，經黨中央核定金門縣辦理提名作業為第三梯次。有關提名作業相關作業要點，為，一、提名登記公告發佈日期：98年5月4日（星期一）。二、受理領表期間：自98年5月7日（星期四）至5月9日（星期六）。三、申請提名登記黨員連署期間：自98年5月7日（星期四）至5月18日（星期一）。四、受理申請提名登記期間：自98年5月16日（星期六）至5月18日（星期一）。五、辦理政見說明會期間：98年5月29日（星期五）至6月7日（星期日）。六、黨員投票訂於98年6月14日（星期日）上午8時起至下午4時止在各鄉鎮區黨部所設之投票所進行。七、民意調查：98年5月29日（星期五）至6月11日（星期四）間辦理。
金門縣委員會也就黨員投票及民意調查計算方式及建議提名作業做了說明：1.黨員投票：各提名登記同志實際得票數（分子）除以該縣市黨員投票之有效票總數（分母），所得商數即為各提名登記同志之得票率。2.民意調查：(1)各提名登記同志該次民意調查已表態支持樣本數（分子）除以該次民意調查全部登記同志已表態支持樣本數之總和（分母），所得商數即為各提名登記同志於該次民意調查之支持率（未表態者不予計算）。(2)各提名登記同志於兩家民意調查機構所得民意支持率之平均 值，即為各提名登記同志之民意支持率。另依該黨黨員參加公職人員選舉提名辦法第16條規定，縣市長選舉之「黨員投票」與「民意調查」結果，如參選者皆未達百分之三十以上或前兩名差距在百分之三以內時，應進行協調；若協調不成，提名建議黨部應於三週內，就前二名參選者進行第二次「黨員投票」與「民意調查」，以結果較高者予以建議提名，時間另訂。3.建議提名：縣長候選人之提名，由縣委員會依據「黨員投票」（佔百分之三十）與「民意調查」（佔百分之七十）之結果，並考量地區特性及選情評估等因素，經提名審核程序，提出建議輔選方式及提名人選分析，連同登記同志審查紀錄表及黨員投票與民意調查結果統計表，陳送組發會，經中央提名審核程序，報請中央常務委員會核定。