行政院經建會經於六月十五日召開的委員會議中，討論通過交通部提報之「金門港埠整體規劃及未來發展計畫（98年│100年）」，未來將作為該港區賡續辦理各項發展計畫及營運管理之依據。
國內港埠建設目前已建立中長程規劃機制，係由交通部首先針對整體商港發展策略、各商港發展定位及功能等，研提以五年為期之「臺灣地區商港整體發展規劃」報奉行政院核定後，再由各港群（計高雄港等六大港群）依前開上位規劃，據以擬定各該港群之中長程整體計畫（即港群之整體規劃及未來發展計畫），逐案報經行政院核定後據以實施。
交通部爰據以提報金門港埠整體規劃及未來發展計畫（98年│100年），作為該港區未來賡續辦理各項發展計畫及營運管理之依據。
本案將金門港埠發展定位為金門對外及各島間之主要客貨運港口、兩岸小三通港口、與結合觀光及親水性港口。
預定發展計畫包括︰「金門地區港埠建設計畫」（已納入「振興經濟擴大公共建設」特別預算項下）、「水頭港區港池浚挖暨陸域填築計畫」等，民國九十八年至一百年間需請中央政府投資之概估總經費需求約二十九點八九七億元。
案經提報行政院經建會於六月十五日第1361次委員會議討論，獲致結論：本案原則同意，後續相關實質投資之建設計畫，請交通部儘速依規定另案辦理。此外，為因應大陸航運市場快速崛起之衝擊，提升港埠整體資源運用效益，有關金門港埠鄰近之港口（如廈門港）未來發展、對地區的影響及相關因應對策等，均請交通部納入後續計畫通盤考量。