小三通旅客抱怨，入出境遭到搜身，有侵犯人權之虞，不排除發起簽名運動，主張恢復金屬探測安檢門。針對此，金門岸巡總隊回應，將檢討執勤人員的執勤技巧，同時也正研議重新裝回安檢門的可行性，以及改變動線克服，免增困擾。
據了解，小三通水頭碼頭旅客通關中心入境金屬探測安檢門於4月7日晚拆除，對入境旅客安檢比照國際機場標準，回歸國門安檢常態，由於入境旅客少了一道身體金屬偵測，也讓旅客通關速度更加順暢，實施迄今近2個多月。　
　前台南縣金門同鄉會理事長葉長春昨小三通返回金門後，向媒體抱怨，他入境時遭安檢人員用手持式的探測器，以及用雙手進行搜身，全身搜遍，感覺很不舒服，其憲法所保障人權蕩然無存，建議用金屬探測安檢門替代人工安檢。
　前金門縣議會副議長歐陽彥木也抱怨：「搜身作法，有點過度」，他認為，小三通僅是小型通關，連婦孺老弱也不能免於被搜身，造成很大困擾與不便，尤其，他又不是通緝犯，建議相關單位針對問題提出改進，以塑造小三通良好形象。　
　針對旅客投訴問題，現場負責安檢業務的金門岸巡人員則說明，執勤人員在安檢勤務上會戴手套，同時，用手持式探測器進行安檢，若探測器發生聲響時才會請旅客將身上金屬器物拿出再作進一步檢查。
　據金門岸巡總隊指出，執行入境旅客安檢是基於國家安全需要，過去設有入境旅客安檢門，因遭到地方反對聲浪而將其拆除，後來改以「人工」方式取替，即由執勤人員用手持式探測器進行安檢，以確保國境大門安全。針對旅客反映，將要求改善執勤的技巧和態度。　
　兩岸大三通直航自去年12月開放，金廈泉小三通旅客不減反增，平均一天進出金門約3000人次；金門岸巡總隊也透露，為嚴防旅客夾帶不法物品入境，目前正研議重新裝回金屬探測安檢門，並改變動線克服，以防造成旅客的不舒服之感。