總統馬英九於九十七年八月二十四日蒞金視導，並與地區各界舉行「金門全方位座談會」，其中對金馬未來之發展，指示經建會辦理「金馬中長期經濟發展規劃」，並「請經建會將金嶝大橋納入整體發展評估。另地方提出的重大議題，亦交由經建會彙整，納入方案中」。
案經經建會委託中華經濟研究院作規劃報告，經建會於九十八年四月三十日將規劃報告摘要呈報行政院，行政院於九十八年六月二日以院臺交字第098002447號函備查。
而行政院秘書長薛香川在九十八年三月六日指示，基礎建設部分，例如機場擴建、小三通碼頭改善、CIQS（小三通通關、出入境管理、檢疫、檢驗）等，是金門地方最迫切需要的，應列在短期要做的措施。
行政院院長劉兆玄在九十八年四月九日指示，金門觀光應考量住宿、海岸除雷、森林老化等問題，並需加強與金酒、戰地文化等之結合。
而行政院對經建會函報規劃案核復：「經建會所報重新修正之『金馬中長期經濟發展規劃』草案一案，業已備查；其中金門大橋之興建擬議，尚涉及興建時機、工程技術、財務計畫、經費籌措及分攤、後續維護管理等情事，應由相關部會協助金門縣政府研擬相關計畫，循序推動；另其餘相關規劃措施，亦應由相關部會協調金門、連江縣政府研擬計畫辦理。」。
經建會九十八年六月十六日部字0980002929號函主旨指出，該會陳報行政院「金馬中長期經濟發展規劃」一案，奉行政院核復業已備查，並請相關機關依行政院函示推動辦理。至於本規劃所提出之金馬地區未來發展願景及產業發展策略，列為金門縣與連江縣「第三期離島綜合建設方案（100-103年）」之指導原則。
而為彰顯政府照顧離島地區居民之決心，本規劃各項策略、措施及配套工作由各主機關依分工優先推動，所需經費分由各機關、金馬地方政府預算及離島建設基金支應。而本規畫涉及離島業務，相關計畫之監督、審議、協調及指導，由「行政院離島建設指導委員會」辦理。內政部應定期彙整金馬地方政府與各主辦部會推動情形，提報「行政院離島建設指導委員會」，以利落實推動。
金門縣政府對於「金馬中長期經濟發展規劃」案，行政院業已備查，認為緣行政院核定僅係政策性背書，尚無具體之細項執行構想。而經建會函復亦僅係請相關機關依行政院函示推動辦理，其推動方式僅為概略性劃分行政作業，其各細項計畫有待金門縣政府與中央部會協調辦理。為落實「金馬中長期經濟發展規劃」案，縣府研考室並將原規劃等細項摘要臚列，並請各業管單位協調中央主管部會共同推動辦理。