金馬中長期經濟發展規劃案，業經行政院核定備查。金門縣政府目前並積極協調各方，希望促成推動和加以落實執行。
金馬中長期經濟發展規劃案的緣起，係政府為增進人民往來兩岸之便利，及促進金馬地區經濟發展，自九十七年六月十九日起，開始實施「『小三通』人員往來正常化實施方案」，全面廢止現行「小三通」人員往來限制，凡持兩岸入出境有效證件之台澎金馬民眾，皆可藉由金門、馬祖小三通之路進入大陸地區，已帶動更多台灣旅客經由金馬進入大陸，對金馬經濟發展有所助益。
然兩岸關係日趨和緩，兩岸政策更加開放，全面大三通已進一步實現，將影響金馬地區經濟，因此，金馬地區應有更前瞻性的發展規劃，以掌握大三通與兩岸產業發展的契機，促進金馬地區永續發展。而經全面檢視金馬地區現有經濟建設計畫，並考量兩岸關係之改善、大陸沿海地區之發展、金馬區位及產業優勢等因素，經建會爰研提「金馬中長期經濟發展規劃」，提出金馬未來願景及建構金馬產業發展定位，提供政府各部門未來推動金馬建設相關計畫之參考。
金馬中長期經濟發展規劃案依據，係行政院九十七年六月十九日第3097次會議通過「『小三通』人員往來正常化實施方案」，並自即日起實施。該方案所列配套措施（四）：「為避免短期需求假象造成投資浪費，並引導金馬地方政府能務實面對金馬長期發展，將由相關機關會同金馬地方政府，就金馬中長期經濟建設相關計畫進行檢討，重新擬定金馬地區之經濟發展計畫，以促進金馬地區健康發展」。
總統馬英九於九十七年八月二十四日視察金門並主持「金門全方建設座談會」時指示：「請經建會將金嶝大橋納入整體發展評估。另地方提出的重大議題，亦交由經建會彙整，納入方案中」。
有關規劃目的，主要：一、掌握兩岸大三通契機，建構金馬未來定位。二、開創金馬利基產業，促進金馬永續發展。三、落實金馬軟硬體建設，便利金馬民眾生活。
至於金馬定位與發展願景方面，經建會認為，在發展原則上，以維持環境與經濟的平衡發展為主。金馬地區最可貴的資產在特殊的自然及人文環境，因此未來金馬地區的發展定位應在環境與經濟發展間取得平衡，不宜過度開發，亦不宜發展大規模的製造業。而在發展定位上，經建會建議，以金馬地區作為兩岸互信合作的「先行示範區」，共創兩岸雙贏模式。目前兩岸開放已成趨勢，但在台灣本島對於開放項目、開放時程乃至於談判模式，仍存在許多不同的意見。為了掌握開放先機，避免機會流失，對於一些有助於金馬地區及台灣經濟發展的政策可以考慮在金馬地區先行推動，以避免因台灣本島冗長的爭論過程而錯失了開放的契機。
經建會指出，金馬地區可以在某些觀光領域先行與大陸進行合作，共創雙贏。對於較為特別領域（例如醫療），也可以藉由金門與大陸的合作降低國內的疑慮及風險。金馬地區作為兩岸產業與政策合作的先行區，一方面有助於金馬地區掌握市場契機，發展地方經濟，另一方面也有助於降低台灣內部的反彈壓力與未來兩岸政策施行的阻力。
而在產業定位上，經建會建議，以「觀光產業」作為發展軸心，善用金馬獨特優勢、台灣產業及人才基礎，與對岸資源，創造金馬關鍵競爭力，帶動其他產業發展。經建會指出，金馬地區不宜發展大規模製造業，應以觀光產業作為發展重心，善用自身優勢，例如戰地景觀、閩南文化、生態觀光、海上桃花島等觀光資源優勢，並利用與大陸地理位置接近的優勢，善用台灣人才（如醫生、教授、專業經理人、技術人員等）及大陸市場（包括：基礎建設、觀光客源、醫療需求等）來發展觀光產業。經建會認為，未來金門可規劃以「國際休閒觀光島」、「養生醫療健康島」以及「精緻購物免稅島」為產業發展願景，至於馬祖則以「國際休閒觀光島」為願景全力發展觀光。