馬英九總統於98年8月24日蒞金視察，於主持「金門全方位座談會」指示由經建會就金門在大三通後之發展，提出中長期發展計劃，以規劃後大三通時代金門發展願景，案由經建會委託中華經濟研究院規劃，所獲致結論，對於產業發展策略與具體措施建議為：一、國際休閒觀光島。二、養生醫療健康島。三、精緻購物免稅島三大主軸。另外對於提昇金門教育文化特色，則以：（一）提供以海洋科技、閩南文化，及中國經營為特色的優質高等教育。（二）建立一個全方位的金門大學兩者為發展面向。
此外，對於金門大橋之興建則認為金門大橋興建有其必要性、可行性及急迫性，為積極回應民意，應儘速興建。至於金廈大橋之興建，為了避免金門在金廈生活圈邊陲化，並能使金門參與廈門地區經濟之擴張，金廈大橋之興建應待金門基礎建設完備、產業發展成熟、競爭力與廈門相若時，方為較佳時機。
規劃案並將機場、港埠、供水、供電、土地使用等基礎設施改善一併納入，擬具改善措施，建請主管部會辦理，全案經報奉行政院於6月上旬核示：「所報重新修正之『金馬中長期經濟發展規劃』草案一案，業已備查；其中金門大橋之興建擬議，尚涉及興建時機、工程技術、財務計畫、經費籌措及分攤、後續維護管理等情事，應由相關部會協助金門縣政府研擬相關計畫、循序推動；另其餘相關規劃措施，亦應由相關部會協調金門、連江縣政府研擬計畫辦理」。而經建會亦即依行政院核定文號請中央各相關部會據以辦理。　　
縣府為使本規劃案落實可行，避免淪為空談，於98年7月1日召開內部工作小組協調會，請相關單位就行政院備查之「金馬中長期經濟發展規劃」先行選擇較具重要、關鍵性之項目研擬計畫，計有財政部門1案、建設部門1案、教育部門1案、交通觀光部門4案、工務部門1案、衛生部門2案、文化部門2案，共12項計畫，總金額76億15,100,000元，分別函送中央各主管部會爭取部會支持及補助。　　
中央各部會收受縣府計畫書後，陸續發文回函。但其回函內容，卻為計畫所需經費、各機關如何支應、相關計畫之監督、審議、協調及指導等，皆需進一步釐清，或以該部會未列規劃為由予以回絕，或認為相關經費由本府全額負擔，更令人難以接受的是有部會認為「金馬中長期經濟發展規劃」僅供參考，顯然各部會並未積極落實推動行政院核定之「金馬中長期經濟發展規劃」案，對馬總統之指示，顯示重重舉起、輕輕放下，甚而置若罔聞，對於各離島根本無政策可言，與金門在大選期間支持馬總統百分之九十五選票來相比，金門似乎連百分之五的關懷也得不到。
離島縣市之發展繫於中央之重視與否，相較於原住民之「原住民族委員會」、客家之「客家委員會」，離島顯然未有中央主管之專責機構負責統籌、協調及整合，然而相較於鄰近之日本、韓國對於離島發展，除訂有專法外，並設置專責機構負責推動，例如：日本由「國土交通省」下之「都市地域整備局」負責「推動島嶼活化設施對策」，並整合中央其他單位之預算、資源進行公共事業建設，協助島嶼振興業務之推動；而韓國之濟州島除成立特別自治道，具有與首爾市相同之法定地位，此外，中央特別成立「濟州國際自由城市發展中心」（JCD），肩負濟州整體發展、對外招商、貿易區、技術區之建設。值得援引參考。
有鑑於此，縣府是以於第46次離島建設指導委員會工作小組提案依離島建設指導委員會第9次會議通過之離島建設業務檢討及改進方案，中央應配合組織再造，設置部會以下署級機關統籌辦理離島建設協調整合之事務，並設各離島發展之執行機關，以提高離島建設品質。但依中央相關部會之回函，顯然非但未遵循離島建設業務檢討及改進方案之改進建議，儘是推諉卸責的表現，故本府希望配合行政院中央組織再造立法，請研考會推動將離島建設業務指定部會納入法定職掌，並設置專責機構統籌離島建設與發展，處理相關計畫執行事項，及經費補助事宜。　
島嶼相對於台灣屬於邊陲，存有定位不明、屬性不清之劣勢，亦有缺水、缺電、缺人之缺憾，但各離島均有獨特的自然景觀資源及濃厚的地方民情，具有發展國際觀光潛力，加上目前兩岸局勢緩和，政策大幅鬆綁，大陸觀光客及國際人士得透過金馬中轉，金門擁有區域上的優勢，倘若可以學習日、韓經驗，結合金馬中長期經濟發展規劃啟程，並以廣闊的海洋腹地之願景，那島嶼將是中心而非邊陲，各離島將會是台灣頸上的一串明亮的珍珠，離島居民也將不會再離島而去。相信這是全體縣民的共同期盼與願望！