行政院秘書長兼任福建省政府主席薛香川從九十七年五月二十日接掌省主席一職，一年多來在行政院積極協助多項有利於金馬兩縣發展的政策通過，像是小三通政策鬆綁、交通港埠建設、醫療大樓工程興建計畫等等，關心金馬的發展。
　薛香川接掌省主席後，相當關心金馬的發展，在行政院公務繁忙之際也撥冗走訪金馬二縣，與縣府座談聽取地方需求，下鄉傾聽基層的聲音，彙整金馬兩縣所提的各項希望中央協助或支持的事項，並指示省府承辦人員隨時提報地方的意見，在行政院主動或從旁協助加速推動有利於金馬發展的政策，省府指出，「從97.5.20～迄今行政院通過有關金門及馬祖之重大政策及效益一覽表」，至少有下列多項：
97.6.19全面廢止現行「小三通」我方人員往來資格限制：一、自97.6.19至12月底我方人員經「小三通」往返兩岸共計64萬1,766人次，較96年度同期35萬4,230人次增加28萬7,536人次，成長81%。二、98年1月至7月底止，我方人員經「小三通」往返兩岸共計66萬5,019人次，較上年度同期42萬2,708人次增加24萬2,311人次，成長57%。
　97.6.19准許臺灣人民之大陸籍配偶及子女，以及在臺工作之外籍人士之大陸籍配偶入出，可申請經「小三通」往返大陸： 一、放寬前，大陸人民僅限來臺地址為金門、馬祖或澎湖、臺灣地區人民之配偶在大陸地區福建設有戶籍及前揭人民之同行子女得經「小三通」往返大陸。二、放寬後，臺灣地區人民之配偶已通過面談者、臺灣地區人民之子女及在臺工作之外籍人士之大陸籍配偶入出亦可申請經「小三通」往返大陸。
97.9.30開放依據「海峽兩岸關於大陸居民赴臺灣旅遊協議」經雙方許可來臺觀光之大陸旅客，得經金馬「小三通」入出境：自97.9.30至98.8.27止，共計1,994團5萬7,346名大陸旅客經「小三通」來臺觀光。
　97.9.30開放赴金門、馬祖旅遊之大陸旅客，將採落地簽或多次入出境簽證方式辦理(限停金門、馬祖或澎湖)：開辦大陸旅客小三通赴金門、馬祖落地簽證、多次入出境許可證等，截至98.7.31止，申請件數共1萬1,995件。　
　97.9.30取消現行臺灣物品經「小三通」中轉至大陸地區應檢附臺商自用切結書之規定；刪除輸往大陸地區之金門、馬祖物品於報關時應檢附產地證明書之規定。97年10月至98年7月出口貨物報關金額逾136億元，平均每月13.6億元，較97年1至9月出口貨物報關金額59.2億元，平均每月6.6億元，增加106%。
　97.10.15修正施行「試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法」。一、開放臺灣本島、外國人及港澳民眾得經由金馬往返兩岸，促進當地經濟發展。二、開放來臺從事旅遊之大陸地區人民，可經由「小三通」中轉至臺灣本島。自97.9.30首航至98.8.27止，計有5萬7,346名大陸旅客經金馬來臺。三、放寬大陸旅客以旅行事由進入金門、馬祖、澎湖者之停留期間，由3天2夜延長為7天6夜。自97年10月至98年8月，大陸旅客以旅行事由進入金門、馬祖、澎湖者共計989人次，平均每月99人次。
　98.2.26核定「振興經濟新方案-金門地區港埠建設計畫」：一、總經費10.6億元，規劃辦理金門水頭港區小三通浮動碼頭、小三通通關空間擴充、小三通行李貨運通道、大小金門間浮動碼頭工程及料羅港區碼頭整建工程等，計畫期程為98～100年。二、計畫完成後可提升兩岸通航及大小金門間客運服務品質，提高兩岸旅客經由金門中轉及遊金意願，並解決料羅港區碼頭結構安全及沉陷問題，確保碼頭作業與操航安全，並提高碼頭能量及作業效率。
　98.3.10核定「振興經濟新方案-馬祖地區海運港埠建設計畫」：一、總經費16.051億元，其中「購建新臺馬輪計畫」總經費為14.3億元(含離島建設基金補助1,000萬元)，預計於101年完成；另「福澳浮動碼頭工程」總經費為1.751億元，預計於99年完工啟用。二、計畫效益主要為改善馬祖地區海運及港埠之服務品質，因應兩岸三通交通需求、維護臺馬間海上運輸安全及確保臺馬海運交通順暢，進而帶動該地區相關產業之發展。
　98.3.30指定交通部擔任推動博奕業務之主管部會：一、配合「離島建設條例」增訂第10條之2規定（博奕條款）完成立法，指定專責部會積極研擬專法送立法院審議，落實推動博奕產業，有效提升離島基礎建設水平，促進離島觀光及經濟發展。二、依據「離島建設條例」第10條之2第2、3項規定，交通部觀光局刻正研擬「國際觀光度假區」審查制度之專業服務委辦案，目的在能找到能真正引進資金並具備集客能力之觀光業投資者。
　98.4.27核定「金門尚義機場空側短期改善工程及航站區第一期擴建工程」第一次修正計畫書：一、總經費由原3億3,604萬元修正為4億9,049萬元，其中航站區第一期擴建工程預估99年1月底完工，民航局將積極趕辦，以98年12月底前為完工目標；空側短期工程30%書圖資料，業於98.7.13奉院核定，該局已展開招標發包之前置作業。二、本航站區第一期擴建工程完工後，年客運服務容量可達230萬人次，可滿足民國100年之客運需求。
98.4.30通過兩岸定期客貨運航班：兩岸於98.4.26簽署「海峽兩岸空運補充協議」，開通兩岸定期客貨運航班，新闢南線直達航路及第二條北線直達航路，班次由每周108班調整為每周270班，貨運班次由每月60班調整為每周28班，我方航點維持桃園、高雄、金門、臺中清泉崗、臺北松山、澎湖馬公、花蓮、臺東等8個機場，於98.8.31起實施。
98.7.16原則同意「金門綜合醫療大樓工程興建計畫」：一、計畫總經費約12億978萬元，預計於101年完成。二、計畫完成後可強化金門醫院醫療服務功能，落實醫療在地化，提升當地醫療服務規模及品質，促進病人安全，縮短離島地區醫療差距，並能因應現階段小三通之廈門臺商與旅遊人口增加，以及金門當地之發展與需求。
98.8.5核定「金門港埠整體規劃及未來發展計畫(98年～100年)」：一、本計畫為金門各港區於98～100年辦理各項港埠建設之依據，總經費33億5,020萬元，包含「料羅港區1至3號老舊碼頭整建工程」及「水頭港區港池浚挖暨陸域填築計畫」等2項實質建設計畫，並進行大型旅客服務中心設計作業。二、計畫完成後，將提供金門地區優質之港埠環境及安全之操航水域。
98.8.19准許輸入臺灣地區之大陸地區物品得經由金門、馬祖或澎湖中轉臺灣地區：配合兩岸直航後，大陸貨物得直航運往臺灣地區，經濟部國際貿易局依「試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法」第23條第1款公告開放經准許輸入臺灣地區之大陸地區物品，得經「小三通」轉運金馬澎以外之臺灣地區，以利兩岸貨物運輸及推動「小三通」正常化。