文昌魚不是魚，被稱為海中活化石，並不是真正的魚，生物學上屬於脊索動物門中的頭索動物亞門，和一般魚類為脊椎動物亞門不同，是5億年前脊椎動物始祖，有海中活化石之稱。金門國家公園的雙鯉濕地自然中心內有專欄介紹，過去還展示過1尾標本。
據金管處指出，文昌魚在全世界只有1科2屬22種，其身體細長，兩頭尖，側體型，白色半透明，體長通常小於5公分，一般人如果不細加留意，往往會誤以為是鰻魚苗。文昌魚被大陸列為國家二級保護動物，並在廈門劃設保護區進行研究和保育。
由於，文昌魚身價因日漸稀少而愈高，據悉，大陸巿場500公克可賣到人民幣300至400元之間（約折合新台幣1500至2000元）；台灣地區因對文昌魚研究有限，因此，並沒有列為公告的保育類野生動物。
金管處表示，文昌魚生活在近岸淺水區，對棲息地環境及水質的要求較高，因此，被視為生態環境指標動物，此次，大陸漁民「撈過界」，顯示出金門海域環境還未遭到破壞，提醒應將文昌魚列為優先調查和保育的物種。