本縣推動之金門地區污水下水道系統建設工程，極力爭取內政部營建署補助款，從93至98年止，已獲補助經費高達近新台幣七億元；縣府自94年起辦理「金門特定區污水下水道系統第二期實施計畫」規劃發包施作，金門地區污水下水道用戶接管普及率截至98年3月底，本縣之用戶接管普及率已達34%，整體污水處理率為46.3%。
　據縣府工務局指出，目前辦理中之工程完工後，預計可大幅提升用戶接管普及率至45%及整體污水處理率57%，公共污水下水道接管戶數5,280戶，專用污水下水道接管戶數1戶，截流區域涵蓋戶數1,926戶。縣府積極辦理「金門特定區污水下水道系統第三期實施計畫」編訂作業，工程建設經費中央補助款佔總工程款98%，地方配合款2%。
　縣府工務局表示，縣府仍極力推動污水工程為重要施政工作，全力支持下水道工程建設再辦理鄉村整建工作，各污水工程承辦人員戮力克服困難，多方面與民眾雙向溝通協調，以完成既定進度與目標，據內政部營建署統計資料98年度污水家戶接管普及率為全國第四名。
　縣府工務局也表示，污水下水道建設為本縣重大施政列管項目之一，民國93年以前之建設委由本縣自來水廠辦理，完成太湖、榮湖、擎天、金城及東林等5座污水處理場設廠，並辦理後續污水幹支管及用戶接管工程，污水處理場設計水量太湖污水處理場2,583噸／日、榮湖污水處理場3,000噸／日、擎天污水處理場500噸／日、金城污水處理場3,000噸／日及東林污水處理場300噸／日。
　污水處理場處理型態為初級處理、二級處理（氧化渠）、消毒（加氟）方式，污泥處理方式為預先處理、濃縮（重力濃縮）、消毒（加氟）、脫水（帶狀過濾）、最終處理（土地利用）。94│98年本縣完成污水下水道工程，包括有「金城都市計畫區污水用戶接管第三標工程」。
　另外，「田浦地區污水用戶接管工程」、「金湖鎮溪邊下湖污水用戶接管工程」。「金寧鄉、金城鎮埔後及民生路污水用戶接管工程」、「烈嶼鄉后井、中墩等污水用戶接管工程」、「金沙鎮英坑污水用戶接管工程」、「金門地區污水處理廠周遭設施改善工程」。
　縣府工務局表示，上開污水用戶接管工程已完成金城鎮向陽吉第、和平社區、鳳翔新村、民生路，金湖鎮溪邊、下湖、山外、新市、塔后、武德新莊，金沙鎮東沙尾、東山、內洋、東溪、新前墩、大地、田浦、英坑，金寧鄉榜林、上后垵、下后垵、埔後、埔邊及烈嶼鄉后井、中墩之用戶接管工程。
　目前污水下水道興建工程有：「金湖鎮山外溪週邊家戶污水接管工程」、「金湖鎮第一期污水下水道及用戶接管工程」、「金沙鎮第一期污水下水道及用戶接管工程」、「金沙鎮第二期污水下水道及用戶接管工程」、「金寧鄉第一期污水下水道及用戶接管工程」、「金寧鄉第二期污水下水道及用戶接管工程」、「烈嶼鄉第一期污水下水道及用戶接管工程」及「金門地區污水處理場功能提升及管線工程」。
　此外，辦理中之在建污水用戶接管區域為金湖鎮下莊、安民、湖前，金沙鎮勝利路一帶、太武社區、陽翟周邊、東山前、西山前、西園，金寧鄉頂堡、下堡、前厝、仁愛新村、柏昱新居、湖下、東坑、后湖，烈嶼鄉上林、上庫、楊厝。
　水資源回收中心排放水回收再利用工程建設成果，為達到節約用水目的，並加強水資源多元化經營與保育、提昇水資源利用效率之離島永續發展之精神，以因應地區降雨豐枯季節明顯，湖庫容量在枯水季呈嚴重不足情形，解決部分地區灌溉用水不足問題。
　太湖污水場排放水最大量可達2,600噸，本排放水回收再利用處理水量約為1,700噸；榮湖污水場排放水最大量可達3,000噸，本排放水回收再利用處理水量約為540噸；配合污水場實際排放水情形，後續將持續檢測二處排放水之水質。水資源回收中心排放水回收再利用作為地區花木澆灌之用，以減少對湖庫及地下水源之抽取，增加水資源使用效率。