自9月兩岸定期包機開航後，金門小三通旅客量明顯出現銳減景象，故此，不少金門鄉親亟盼能興建金廈大橋、開放大陸遊客自由行、招收陸生，以及由大陸供水供電，俾帶動金門整體經濟起飛；但儘管金門縣政府多次向中央建言，又因涉及政治敏感，令縣府「一籌莫展」，金門是否被邊緣化，大家都在關心。
　新政府上任後，兩岸政策逐步開放，97年6月19日開放擴大小三通，單日出入金門的旅客已逾8千人次，有了人流，金門縣政府進一步為使旅客留在本地消費增加經濟價值，積極配合推動大陸「海峽西岸經濟區」的發展目標，希以「五區兩帶」架構為主，發展旅遊產業，帶動觀光人潮。
　縣府並規劃希望金門成為福建、廈門旅遊的延伸，加強與福建、廈門的觀光合作，利用金門區位優勢，吸收小三通赴台旅遊的中轉旅客停留觀光，這是縣府近來持續努力的重點工作之一，最近大陸「海峽論壇」期間，大陸25省市區旅遊相關單位領導151人來金訪問考察，縣府期望是好的開始。
　縣府提及「金馬中長期經濟發展規劃」，經建會已提報行政院核定中，金門地區港埠建設計畫也已納入「振興經濟擴大公共建設投資計畫」，對於迫切需要中央協助解決的事項，縣府透過各種機會與機制建請中央納入施政項目，其主要事項如后：
　據縣府指出，首要是金門大橋興建案歷經波折，仍混沌未明，建議中央應有明確之政策指引，俾免徒勞無功。其次，自大陸引水案迄未奉核定，建請鼎力協助促成，以加速推動，帶動金門整體建設。至於，建請簡化大陸人士來金旅遊辦法手續，應以比「赴台旅遊」較為寬鬆作法，俾落實擴大大陸人士來金旅遊之政策效益。
　再則有關金門中長期經濟發展規劃，涉及兩岸事務項目，縣府建議中央予以匡列，納入兩岸協商，以使規劃案能予落實。並檢討修訂離島建設條例，增加優惠措施，營造有利投資環境；此外、協調部會統籌規劃金門戰爭遺址活化再利用，成立國家級「軍事博物館」。以及建議行政院指定一個部會統籌各離島業務並納入職掌，作為各部會間之協調窗口，以加速離島建設。
　金門鄉親對於馬總統團隊寄予高度之厚望，也很感謝馬總統指示經建會就金門在大三通後之發展，提出中長期發展計畫，以「發展原則－維持環境與經濟的平衡發展」、「發展定位－以金馬地區作為兩岸互信合作的『先行示範區』，共創兩岸雙贏模式」及「產業定位－以『觀光產業』做為發展軸心，善用金馬獨特優勢、台灣產業及人才基礎，與對岸資源，創造金馬關鍵競爭力，帶動其他產業發展」三大願景，規劃金門成為「國際休閒觀光島」、「養生醫療健康島」及「精緻購物免稅島」，另外則以「提供以海洋科技、閩南文化、及中國經營為特色的優質高等教育」、「建立一個全方位的金門大學兩者為發展面向對於提昇金門教育文化特色」四大目標，擘畫後大三通時代金門地區未來發展之願景。全案經報奉行政院於6月2日同意備查。
　縣府為使該規劃案落實可行，避免淪為空談，曾於7月1日召開內部工作小組協調會，請相關單位就行政院備查之「金馬中長期經濟發展規劃」先行選擇較具重要、關鍵性之項目研擬計畫，計14項計畫，分別函送中央各主管部會爭取部會支持及補助。不過，中央各部會回函內容，仍停留於過去舊思維，令縣府十分無奈無助。
　縣府指出，例如金門大橋案、廈門高崎機場作為金門機場之備降機場案，也都無下文；金門長期是泛藍「鐵票倉」，第十二任總統副總統選舉金門縣投票結果，馬總統在金門囊括百分之九十五的選票支持度，希望金門能獲中央政府的眷顧，確保離島居民各項基本權利。