行政院經建會經於十月二十六日委員會議中討論，通過交通部提報之「金門水頭港區港池浚挖暨陸域填築計畫」計畫書案，交通部基於金門商港水頭港區為海運主要客運門戶，擴大小三通實施後，客運量已大幅成長，九十八年迄六月底止，小三通客運量已達六十五萬零四百六十七人次，爰預計投資相關港埠建設擴充改善服務需求。
　本案金門縣政府衡酌水頭港區客運量大幅成長，為提升服務品質，健全港埠發展建設，依據上位計畫賦予之定位與規劃構想，提出港池浚挖與陸域填築計畫。
計畫包括水頭新港區港池浚挖（規劃水深-6.5m）及陸域填築，完成一、二號碼頭興建，進行大型旅客服務中心興建工程設計案，以及辦理後續101~105年之整體規劃及未來發展計畫。期程自九十八年十月至一百零一年十二月，所需經費二十七點三二二億元，由交通部公務預算支應。
　案經提報經建會於十月二十六日召開第1374次委員會議討論，獲致結論：金門商港水頭港區為目前國內客運量最大的海港，同時現階段為我國與大陸往來門戶之關鍵區位，肩負呈現臺灣意象的重任，原則同意。後續請交通部專案督導、積極推動。至於旅客服務中心，如何兼顧現代化場站設施功能與保有文化風貌概念，並掌握建設契機、滿足實際需求，均納入評估考量。