地區H1N1新型流感疫苗和全國步伐一致，依順位、分梯次開打，採統一的接種順序及時程。縣衛生局指出，目前公布施打對象及時程為，十一月二日起第一線照顧病患之醫事人員；十二月九日起為六個月以上未滿一歲嬰兒；十一月十六日為孕婦、滿一歲至國小入學前幼兒、重大傷病患者及國小學童；十一月二十三日國中生；十一月三十日為高中職學生。
衛生局也指出，因H1N1新型流感疫苗為多劑型包裝，請民眾要接種前電話詢問預約時間，避免造成資源浪費或人數不足無法開瓶之情事，H1N1新型流感疫苗接種時間及合約院所名單如下：
星期一下午五時至五時三十分，新超群診所。星期二上午，署立金門醫院、金沙衛生所（成人接種服務）；星期一下午，署立金門醫院、金城衛生所、金湖衛生所、吾家內心情診所（幼兒接種服務）。星期三上午，金寧衛生所、金湖衛生所（成人接種服務）：下午，烈嶼衛生所、金寧衛生所、金沙衛生所（幼兒接種服務）。星期四上午，署立金門醫院、烈嶼院區（成人接種服務）；下午，署立金門醫院、烈嶼院區、新超群診所（成人及幼兒接種服務）。 星期六上午，金城衛生所、金沙衛生所（成人接種服務）。