金門縣政府為因應縣政發展需求，近8年來積極向行政院爭取請求增加員額，成功突破行政院針對地方員額「零成長」管制，順利爭取事業機構員額納入行政機關總員額計算，以及爭取中央依法設置「港務警察」，減輕地方財政負擔，也強化組織提昇政府行政效能。
　據縣府指出，為因應縣政發展需求，積極向行政院爭取請求增加員額，在該院嚴格員額管制政策下於九十二年成功爭取將港務處及監理所等二機關之編制員額三十七人，免列入行政院針對地方機關員額零成長之員額總數範圍計算，因此得以於九十三年辦理縣府組織自治條例修正增置員額，使組織員額配置更臻合理。　
　本縣自民國四十五年實施戰地政務起，因長期實施「戰地政務」，處特殊行政體制達四十餘年之久，期間地區發展以軍事為重，縣政府僅為金門戰地政務委員會下轄機關，在軍管體制下，受組織精簡、員額限縮之多重限制，員額始終不足，縱使自民國81年11月7日解除戰地政務回復憲政常態，一體適用中央法制後，縣政府暨所屬各機關亦僅就名稱、職稱等略加修正，編制員額仍然沿襲舊制迄民國88年「地方制度法」公布施行後，本縣行政機關組織員額始依地方行政機關組織準則第23條之計算規定以民國88年7月1日之編制員額總數為基準數，以87年12月底之人口數及土地面積為增加員額之計算參數由原360人增加94人為454人(91年配合營業稅移撥3人至國稅局，現減為451人)然按該準則訂定迄今已歷時10年，地區人口成長迅速，隨著解嚴後地區以發展觀光為主軸及小三通之實施，各項軟硬體建設及新增業務，亟須人力投入，如港埠建設、小三通人員往返作業及防疫、醫療、兩岸文化交流、經貿、觀光設施及行銷等規劃發展，現有編制人力顯與因應業務實際所需差距甚大，各項中央與地方業務推展，明顯受限。
　其次，縣府多方努力爭取縣屬事業機構員額納入行政機關總員額計算，業奉行政院核定七十七人納入行政機構總員額計算，大幅增加員額，將能提供就業機會，吸引縣籍青年返鄉參與建設行列，有利未來縣政發展推動，提昇政府行政效能。　
　基於「地方行政機關組織準則」於民國96年12月6日修正，縣(市)政府一級單位及所屬一級機關總數依準則第15條第2項第2款規定縣(市)人口在五萬人以上，未滿二十萬人者，不得超過十六處、局。縣府現有十九個一級單位及機關必須精簡三個為十六處、局，且依同條第3項第2款單位(機關)最低設置門檻為十五人，因此以現有員額數如欲配合組織修編再度面臨員額不足之窘境，經向內政部積極協調爭取，該部召集相關單位研商尋求解決終獲同意協助。　
　同時並於「地方行政機關組織準則」增訂第23條第4項規定：「戰地政務時期設立之事業機關(構)，於戰地政務終止後改隸縣政府者，因組織調整、合併或裁撤，其編制表所列之員額數，報經內政部轉行政院核定後，得列入縣政府員額總數計算」。　
　縣府表示，本縣各事業機構員額合計143人，不列入行政機關總員額計算，因用人費納為事業機構營運成本，無法納入中央統籌分配稅款計算基準，基於營運成本考量該等機構多年來職員除維持必要人力外採出缺不補方式以減少人事成本，因此空缺甚多，基於業務需要爰依上開準則修正規定研訂所屬事業機構員額調整計畫，將各事業機構現有編制員額空缺77人調整納入行政機關總員額計算，歷經年餘之爭取業奉行政院核定。　
　此外，全力爭取中央依法設置港務警察，高雄港務警察局進駐金門港區24名警力，縣府每年節省經費支出達三千一百餘萬元，並能提高縣籍在台員警返鄉服務機會。金門國內商港於89年12月4日經核定為「金門國內商港」，自90年1月1日起施行，正式納入商港法之商港體系，依「商港法」、「內政部警政署組織條例」等相關規定，依權責內政部應於「金門國內商港」設置港務警察組織，以維港區安全。