金門縣試辦教育發展基金配合教育部成立附屬單位預算執行，並落實「教育經費編列與管理法」之規定，推動地方教育發展基金改以附屬單位預算編製，在縣府財政、主計單位之配合進行下，運作順暢，確保教育經費之穩定成長與提昇運作績效。　
　縣府教育局指出，本縣配合教育部於實施「各縣市地方教育發展基金成立附屬單位預算試辦計畫」，本縣各相關人員全部參與業務研習，其主要課程為對地方教育發展基金推動方案之介紹、基金會計科目之定義與應用及財務報表編製之介紹、基金預算之籌編與基金收支預算執行及決算之編製與實例操作等。
　本縣97.04.25成立試辦地方教育發展基金附屬單位預算推動專案小組，積極辦理宣導說明會，辦理前置作業相關計畫及會計資訊系統功能需求確認及教育訓練。教育基金成立附屬單位預算並納入集中支付，此為地區整體政策，亦獲財政局配合推動。　
　縣府教育局表示，本縣為處理解決以上各項問題，首先對外成立單一窗口化方式，由主計室資訊人員負責對外聯絡、訊息公告、各學校問題協商等工作，另專案小組人員積極協調教育部會計處及電算中心研商處理各項系統程式修正外，更再加強教育訓練，甚至各別輔導與其他二試辦縣市研討可能之共同作法等。　
　因應未完成支付系統前本縣暫採替代方案四方式辦理，其作業流程如下，各分預算管理機關先編造分期實施計畫及收支估計表依程序完成核定後副知財政局支付課。附屬單位預算收支估計之分配數與分配期程，應與教育局公務預算之分配預算數及期程相配合。　
　各分會計(各學校)之政府撥入收入以外之其他收入，應按月編送基金附屬單位會計(縣府主計室)彙總送財政局支付課補登收入。一萬元以上之支出由各分會計填製付款憑單送財政局支付課據以支付，惟因憑單上之機關代碼與支付課現行代碼不相符，故由各分會計機關於憑單空白處加註支付課所賦予之機關代碼。　
　又在教育部規劃之附屬單位預算系統上線前支付課僅控管至各預算機關之總收支及結存數，無法產生業務計畫及用途別科目歸類之合計支用數。本縣自願參與試辦縣市，由於均能全力以赴，並與教育部電算中心配合，一一克服各項相關問題，推動順利。