金門中長期經濟發展規劃案經行政院九十八年六月二日修正備查後，金門縣政府即依規劃之短期措施研提十四項計畫及十七項法規建議修正案，函報各中央主管部會，惟自核定迄今已屆半年，僅港埠建設計畫經核定、大橋興建案函報行政院，餘仍處於研討甚或遭打回票，例如免稅島乙案，顯見各部會並未予以重視及落實推動。　
　金門縣政府研考室主任陳朝金指出，在此規劃案重視與落實度不足，相對於對岸平潭島指定規劃為自由貿易港區，即啟動跨海大橋、環島公路、高速公路之興建，海關總署立即進入規劃以「免稅、保稅、退稅」為基礎，人員不足由各縣市派員「掛職」，政策擬定後，迅即付諸執行，實值借鏡。　
　陳朝金指出，金門位處偏遠離島，地理位置孤立，自然資源匱乏，導致人口外流，經濟成長遲緩，使得產業發展受限，又發展方向與定位不明，徒有口號無實際行動，對外來投資者無法產生更大的誘因，招商引資成效不佳，難以帶動整體產業發展。　
　而金門空地甚多，但確實可供開發利用之土地有限，復又受制於都市計畫、國家公園與軍事管制區，而各該區域準據法規亦不相同，無法靈活運用縣內的土地，進行整體規劃與開發，針對金門地區管理宜思考單獨制定法規，以帶動地區的投資與發展。　
　金門縣政府各部門計畫或實施方案為數甚多，但因缺乏指引之上位或旗艦計畫，而難以實現，例如離島綜合建設實施方案，因欠缺政策或上位計畫的指引，實際兌現率僅約百分之六十四，諸多方案徒具形式，無法產生預期之效益。　
　陳朝金指出，金門自民國八十一年十一月七日終止戰地政務迄今已屆十七年，但部分屬中央應辦之事項，如商港管理、公路監理、自來水、農業試驗與設置港務消防等，並未回歸由中央主政，縣政府本身業務與受委託辦理業務常有混淆不清之處，影響相關縣政業務與建設之推展。他指出，縣府及所屬各級機關，現有組織員額計九百一十八人，其中警察機關三百一十二人、消防機關七十六人、學校（職員）九十七人，較同屬離島且土地面積、人口與業務量相仿之澎湖縣一千七百九十六人，總員額僅其百分之五十一點一一，人力資源分配明顯不足，嚴重影響縣政之推展。　
　金門縣政府因此提出下列建議事項：一、強化離島指導委員會機制功能：配合行政院組織法修編，指定部會層級機關，或參考日、韓作法，成立特別機關，專責離島建設業務，擬定整體規劃，推動主要旗艦型計畫，並依行政院九十八年六月二日函示意旨，將金門中長期經濟發展規劃規劃案納入列管，輔導與協助離島地方政府研擬計畫辦理，以落實推動離島建設與發展。二、檢討現行政策與法規：配合金門未來發展之定位與願景，以及產業發展需求，重新檢視國家公園與軍事管制區範圍，指定專責部會針對各離島特性，並參考鄰近日、韓對離島之管理，研究出最適之行政制度、土地管理、產業發展模式，取得法律地位，使得各離島得以永續發展。三、涉及兩岸事務者宜儘速處理：金門中長期經濟發展規劃案涉及兩岸事務者，計有自廈門引入觀光客、觀光客攜帶免稅品進入大陸、陸生到金門就讀、就醫…等，需主管部會積極與大陸協調方能水到渠成，以使規劃案能落實推動。四、軍事營區活化再利用宜落實執行：金門地區軍事設施雖已逐漸釋出，但卻分別移由國家公園、地方政府或鄉鎮公所等互不隸屬之單位接管，各有不同的思維方向與觀點，為發揮整體效益，彰顯軍事遺址特色，建請經建會或協調國防部統籌與整合相關單位及資源，規劃成立國家級「軍事博物館」，以豐富金門戰地特色內涵。五、重新檢視教育文化大學島政策：人才不足一直是金門發展的瓶頸，而提振金門高等教育，不但可以滿足金門在地的需求，更可以使金門藉由人才的培養，吸引更多人才促進金門的發展。建議將教育視為產業，重新檢討評估納入「教育文化大學島」，經由教育產業發展帶來之人流與金流，助益金門觀光產業發展。