金門縣政府因應地方行政機關組織準則修正，組織自治條例也配合修訂。但受限於金門縣行政機關總員額，致修編困難，業經五次會議研議，尚有政風機構專屬人事法令與地制法競合問題待解決，現仍在中央研議中。
金門縣政府人事室指出，縣府因應九十六年十二月六日修正之地方行政機關組織準則第十五條規定，所屬一級單位及一級機關總數不得超過十六處局，因此需簡併三單位（機關），另同條第三項規定縣（市）人口在五萬人以上，未滿二十萬人者，每一局室人數不得低於十五人。
　人事室指出，縣府現有十九局（室）不足十五人者有九個單位，且受限於金門縣行政機關總員額，致修編困難，業經五次會議研議，尚有政風機構專屬人事法令與地制法競合問題待解決，現仍在中央研議中。