為落實職務代理制度，提升工作績效，金門縣政府人事室經頒布「金門縣政府及所屬各級機關學校職務代理補充規定」，並自九十九年一月一日發布施行。
縣府人事室指出，金門縣政府及所屬各級機關（學校）職務代理，除法令另有規定外，悉依本補充規定辦理。各單位職務代理之排定及權責，依下列各款辦理：
　一、職務之代理除有法定代理人者，應由法定代理人代理外，其餘人員由各單位依其職責及工作性質排定職務代理人。二、職務代理人，應確實負責辦理所代理職務之工作，除報經核准者外，不得留待本人處理。三、被代理人除特殊情形外，應先行將其工作及持有之資料交代清楚，其因交代不清以致耽誤者，應自行負責。四、各單位應重視各級屬員平時工作調配，實施職務輪換，使排定之職務代理人熟悉被代理人之工作。
人事室指出，各單位職務應依業務性質分別指定職務代理人三人，並依順位造冊二份，一份自存，一份送人事單位。職務代理人異動時，亦同。而各單位人員請假、公假、休假或出差前，依下列規定辦理：一、代理期間未滿一天者：應交代已處理或代處理之急要公文，及處理情形與方式。二、差假時間內可能發生之狀況及處理方式。三、前往地點及差假期間之聯絡電話。代理期間一天以上未滿三天者，除前款交代事項外，並應交代下列事項：一、尚未辦結及陳核中之案件。二、待辦公文及有關事項。三、業務有關之單位、人員與連絡方法。代理期間三天以上者，除前二款交代事項外，並應交代下列事項：一、各項業務之處理方法、業務程序、應行注意事項及業務上需參考之法規、釋例與查閱方法。二、業務範例有關案件抄本及保管之案卷、資料等。
而各單位主管對於屬員之差假，應確實核對職務代理人，經核派為職務代理人者，不得再請差假，差假人員亦不得互為代理。但因特殊事故，經奉單位主管核准者，不在此限。代理人代理期間在一個月以上負責盡職，成績優良者，得酌予適當獎勵。違反這項補充規定，未確實代理、交代不清或未善盡代理之責以致耽誤公務或影響機關形象者，應追究相關失職人員責任並嚴加懲處，單位主官（管）並應加重負連帶責任。
人事室指出，各鄉（鎮）公所及所屬各級機關職務代理，得準用這項補充規定。