離島建設業務自九十八年十二月起由內政部移回行政院經建會辦理，為提升離島建設基金補助計畫之執行績效，經建會將檢討修正現行執行機制，結合各部會能量，全力協助離島縣市政府推動各項建設計畫。　
　離島建設業務前於民國九十三年九月至九十八年二月經建會辦理期間，曾研擬「離島建設業務檢討及改進方案」及「促進離島永續發展方針」，確立離島永續發展的政策方向，並完成基金運用、補助計畫審議等制度性配套規劃；另管考作業方面，頒行「離島建設基金補助計畫執行檢討及考評作業要點」，成立單一服務窗口，協助解決跨機關之困難問題，定期檢討執行成效，每年辦理績效考評。在各機關共同努力下，整體執行率已大幅提升，需保留預算之計畫也大幅降低，顯現初步成效。　
　而為加強整合及回應地方需求，行政院長並於九十八年十月八日行政院第3165次院會指示：「關於金門、馬祖以及澎湖等離島的建設應予加強。離島建設基金應轉回經建會主管，以利整合相關部會的意見。另請經建會重新檢視九十八年六月核定的『金馬中長期發展計畫』，邀請當地的縣長、議長、議員，以及相關的立法委員共同參與，以正面回應金門、馬祖、澎湖等離島需要建設的心聲，必要時亦可考量重新擬訂，一定要符合地方發展的需求」。　
　經建會並於九十八年十一月三十日重新接辦離島建設業務後，為落實行政院長指示，進一步深化管考內涵、提高執行效率及讓民眾瞭解執行成效，即著手檢討修正離島建設基金補助計畫之執行檢討及考評機制，強化分層負責，採行例外及風險管理，配合單一服務窗口協助排除執行障礙，以期各項補助計畫均依預定時程順利執行，達成目標；同時請各縣政府擴大宣導，讓離島鄉親感受到政府的用心，共同見證地方之蛻變與進步。