交通部規劃將自九十九年一月二十五日起，套票旅客自大陸入境金門中轉行李直掛服務，連同已實施的出境行李直掛服務，金門小三通旅客出、入境不必再大包小包攜帶行李。
　根據交通部表示，因金門水頭碼頭擴建改善完成，加上自去年六月十六日試辦、九月二十五日常態化的金門小三通套票旅客出境行李直掛服務施行狀況良好，預定自九十九年一月二十五日起試辦套票旅客入境行李直掛服務，旅客自廈門或泉州地區搭船到金門，再搭機返回台灣，大行李可以一路托運，抵達機場再持行李票領回行李即可。
　而考量船舶載重安全，交通部也表示，利用小三通行李直掛服務托運的行李，每人以二十公斤為上限，隨身行李限重七公斤。
　交通部表示，金門小三通入境行李直掛服務開辦後，之前旅客出境拿小行李，入境大、小包趕赴機場搭飛機情形將不復見，利用小三通往返兩岸的旅客將更輕鬆、便利。