金門縣辦理「九十九年度教師教學卓越獎」初選作業，將分幼稚園組、國小組、國中組三組辦理。各組將推薦一團隊參加教育部複選，另圈選二團隊為地方教學卓越獎優勝團隊。
　這項教學卓越獎辦理目的，係為獎勵致力教材教法及教具之研究、改進或創新、發明，把握班級經營及輔導學生適性發展並針對教育政策研擬教學方案及計畫表現卓越之教學團隊。
　參加對象為金門縣各國民中、小學及幼稚園之教學團隊。前項教學團隊，指金門縣具有合格教師資格之現職專任或長期代理教師三人以上所組成之團體（代課及實習教師不得參加）。教學團隊組成之所有教師三年內均未曾獲得本獎之最高獎項者。以及教學團隊組成之所有教師均未獲得九十八年度本獎之銀質獎。
　評選方式上，初選採自薦與他薦（教育局、教師會、家長會或其他立案教育團體推薦）二種舉薦方式。並以書面審查、口頭發表並參考教學現場觀察紀錄資料為原則。國中組、國小組及幼稚園組由金門縣就舉薦之教學團隊評選後，推薦參加複選。
　評選期程，報名與資料送件日期，自即日起至九十九年三月十九日止，請於截止日下班前寄（送）達各項參賽資料送教育局學管課彙辦（郵件以郵戳為憑），逾期不予受理，資料受理後不得更換。
　獎勵方面，經教育部複選獲獎之教學團隊，金質獎團隊給予新台幣六十萬元，一人記大功一次，至多二人記功二次，其餘成員記功一次，並由教育部公開表揚；銀質獎團隊給予新台幣三十萬元，一人記功二次，至多二人記功一次，其餘成員嘉獎二次，並由教育部公開表揚；得獎金額得從事教學考察、教學研究或協助弱勢學生之公益用途，教學團隊頒給獎座乙座及每人獎狀乙張；參加複選未獲前項獎勵之團隊，經評選小組核定後發給佳作獎狀及獎金新臺幣三萬元，一人記功一次，其餘成員嘉獎二次（獎金運用比例照前項規定辦理）。另為避免受獎團體以同一事由重複受獎，曾獲選教學卓越金質獎者，三年內不得重複被推薦。而經金門縣政府初選為入選之教學團隊，每團隊給予獎金新台幣一萬元（後若經教育部複選通過，並獲金質獎、銀質獎、佳作獎而得其獎金者，則縣府將不再加發此一萬元之獎金），得獎金額得從事教學考察、教學研究或協助弱勢學生之公益用途，教學團隊頒給獎狀各乙紙。獲選教學團隊之教師依據「公立高級中等以下學校教師成績考核辦法」第五條第九項給予嘉獎一次。參與推動工作有功人員並酌予敘獎。