九十八年度自來水供水水質比起往年有大幅改善，依據本縣自來水廠表示，由於該廠近年加強淨水技術之提昇，及改善加藥系統，並引進新藥劑，98年度該廠各場站接受本縣環境保護局每月抽驗出水及配水管末端用戶之清水水質，受檢次數合計達二千三百八十六項次，其中不合格為二十一項次，受檢不合格率降為百分之零點八八，比起九十七年(受檢不合格率為百分之一點八五)及九十六年（受檢不合格率為一點三一）之水質，皆有大幅改善。
　自來水廠表示，受檢項目為自由餘氯、pH、濁度、色度、總溶解固體、總硬度、總菌落數、大腸桿菌群、氯鹽、氨氮、亞硝酸鹽氮、硝酸鹽氮、硫酸鹽及總三鹵甲烷，不合格的二十一項次，分別為色度十次、亞硝酸鹽氮五次、總溶解固體三次、自由餘氯一次、pH值一次及總三鹵甲烷一次。
　據水廠廠長翁自保表示，九十八年度受環保局抽檢水質，不但合格率提升，而且影響健康之污染物「總三鹵甲烷」乙項，僅出現一次不合格，係發生在太湖淨水場的出水，比起九十七年受檢八次不合格和九十六年受檢六次不合格，已改善甚多。
　據該廠統計，九十七年和九十六年受檢總三鹵甲烷不合格次數皆發生在紅山和榮湖淨水場之出水，而九十八年紅山和榮湖淨水場受檢之總三鹵甲烷皆全數合格，主要原因係該兩淨水場於九十八年起陸續啟用了「二氧化氯加藥設備」，採用現場製造二氧化氯作為消毒劑，由於二氧化氯用於飲用水消毒，在國外相當普遍，且該消毒藥劑經多方研究測試報導，比起次氯酸鈉或液氯，有較低的三鹵甲烷生成潛勢，對含高有機質之金門各湖庫原水，使用於淨水程序可以降低自來水鄉消毒副產物濃度，經該廠一年之使用印證，確有立竿見影之效果。
　另外，不合格之檢項「亞硝酸鹽氮」，係發生在金城之各地下水井，皆是以前未發生過者，是在九十八年七月份的同一期採樣中檢出為出限值，此為環保局測值，但水廠與其同步採樣之自行檢測數據均符合限值，當初已證實為環保局之儀器誤差，後續幾月亦未曾再檢出有不合格狀況，故本項污染物符合飲用水標準限值應是無疑問，用戶可以放心。
　至於色度的產生原因，除了與水中鐵、錳氧化不完全，因加氯消毒後到用戶端再度生成有色氧化物有關之外，亦與挖破管線管垢受水壓變化釋出有關，檢測值僅是稍微偏高而已。而「總溶解固體量」乙項，係與旱季期間小金門湖庫原水水質有關，旱季時此項物質之濃度較高，以目前的淨水單元並無法去除，高濃度並不影響用水，僅影響口感而已。
　據水廠表示，該廠已自九十八年八月份起已經海底管線自大金門支援較優質之地下水補充小金門之用水，此些問題均可改善。其他的不合格檢項-自由餘氯與pH值等，亦不影響健康，但水廠表示會加強管控以改善。
　而該廠為提供穩定且優質的供水品質，每月皆定期進行各鄉鎮自來水水質檢測，檢測項目包括自由餘氯、pH、濁度、色度、總溶解固體、總硬度、總菌落數、大腸桿菌群、氯鹽、氨氮、亞硝酸鹽氮、硝酸鹽氮及總有機碳，未來亦會將檢測結果定期公佈。
　有關九十八年之出水水質狀況，翁自保也特別指出，依據行政院環保署委託中環科技事業股份有限公司執行「九十八年度飲用水水質標準中較難檢驗項目抽驗計畫」結果指出，該廠九十八年度自來水受測項目重金屬(鎘、鉻、銻、銀、汞、鉛、鎳、硒、砷、鋇)、揮發性有機物（三氯乙烯、四氯化碳、1,1,1,-三氯乙烷、1,2-二氯乙烷、氯乙烯、苯、對-二氯苯、1,1,-二氯乙烯）、氟鹽、陰離子界面活性劑、總三鹵甲烷等二十項，其檢測結果均符合飲用水水質標準。
　至於民眾擔心的藻毒問題，該廠的各地面水淨水場皆有慢濾池，依研究報導，藻毒污染物幾乎可全數被去除，用戶可以放心。對於金門民眾的用水疑慮，該廠均視為改善重點，依各項數據顯示，本縣自來水品質已逐年提升，該廠仍將持續秉持著夠水、夠淨、夠好的事業願景，提升經營績效與服務品質，以產出更優質的自來水水質。